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政府部门领导干部经责审计的内容和重点党的十八届三中全会对经济责任审计提出了新的要求，中央七部委联合印发的《党政主要领导干部和国有企业领导人员经济责任审计规定实施细则》，也对经济责任审计的内容作出了进一步补充和细化，但对政府部门主要领导干部经济责任审计，归根结底应紧扣权利运行这一主题，即围绕领导干部行使经济权利的合法性、合规性、程序性、效益性情况开展。
一、合法性审查
一是落实国家关于稳增长、促改革、调结构、惠民生、防风险等政策措施的情况，检查执行过程中有无与国家政策相抵触的事项，有无国家相关政策已取消或明令禁止的行为仍在继续实施的，如：检查是否采取措施清理取消不合理、不合法的收费项目，有无借助行政审批事项向企业收取、摊派不合理费用，增加企业负担，是否建立健全非税收入管理制度。二是部门预算执行和其他财政、财务收支的真实、合法、效益情况，重点关注当年收支预算编制是否科学、合理，收支预算执行结果是否真实、合法；审查决算上报数据是否真实、完整，部门和单位是否存在漏报、瞒报、错报情况；检查部门公务用车购置及相关费用、公务接待费、因公出国（境）经费及会议费; 有无不经批准设立银行账户，私存私放财政资金和其他公款。三是依法行政情况，包括遵守相关行业法律法规和财经纪律情况，审查部门各项行政活动和经济活动是否在法律所赋予的权限范围之内，有无疏于管理和行政不作为情况，关注有关财务管理、业务管理等内部管理制度的制定和执行，以及厉行节约反对浪费情况。
二、合规性审查
一是各类民生资金、专项资金管理使用情况，审查上级财政转移支付资金安排的重大项目是否按期实施，是否及时、足额拨付上级财政转移支付专项资金，是否存在弄虚作假、挤占挪用等问题。二是国有资产的管理和使用情况，重点了解国有资产总体规模及其变化情况，审查国有资产管理使用制度建立情况，国有资产处置、重组等程序是否规范、手续是否完备；有无造成国有资产流失或造成重大社会不良影响；国有资产收益是否全额纳入预算管理。三是政府投资和以政府投资为主的重要项目建设和管理情况，关注被审计领导干部任职期间政府投资及重要建设项目的总体情况，选择投资规模较大的若干重点工程，重点审查政策执行和投资效益情况，如：基本建设程序、招投标政策执行情况、概预算执行和资金筹集、管理与使用情况，有无擅自扩大规模、提高标准或搭车建设楼堂馆所；有无资金筹措不足而拖欠工程款或出现半拉子工程，或挤占挪用其他专项资金；征地拆迁补偿是否及时足额到位。四是违反相关廉洁从政规定情况，是否存在利用职权和职务上的影响谋取不正当利益，如在其他单位领取津贴补贴。
三、程序性审查
一是重大经济决策是否符合程序，关注重大工程建设、土地出让、专项资金、国有资产处置等重大经济事项是否建立了相应的议事规则和有效的决策机制，与群众利益密切相关的重大决策事项是否建立了社会公示制度、专家咨询制度和责任追究制度等，审查重大经济事项是否经领导班子集体决策，决策程序是否合规，决策依据是否科学，有关会议记录、纪要、决议和决定是否完整。二是财务审批是否符合程序，关注单位日常公用经费开支是否按照开支类型、金额进行逐级审批，报销手续是否完整。
四、效益性审查
与履行经济责任有关的管理、决策等活动的经济效益、社会效益和环境效益情况。一是事业发展规划、业务工作思路、职能工作目标是否符合现实需要和部门实际，与职责相关的经济工作指标或业务指标是否全面完成，是否有明显的进步和提高。二是财政存量资金是否存在应投未投、该用未用和效益低下问题，以及清理盘活财政存量资金范围不完整、工作进展缓慢、通过虚列支出突击安排等方式规避清理盘活等问题，是否推动加快清理盘活进度。三是生态环保、清洁能源、交通运输、健康养老服务等重大工程项目，以及基础设施、保障性住房等重大建设项目，重点审查规划立项、投资审批是否及时和项目建设进展以及资金保障、竣工验收、项目运营等各环节任务完成情况，促进各方责任落实，提高审批效率和质量，促进发挥政府投资对经济增长的拉动和结构调整的引导作用。四是自然资源资产管理和生态环境保护，盯住责任落实、实物形态、红线指标等关键事项，关注领导干部对土地资源、水资源、大气污染防控等自然资源资产管理和生态环境保护目标责任落实是否到位；自然资源资产实物形态和质量功能是否完好；红线指标实际执行是否到位；生态环境保护重大项目建设是否按进度实施并取得预期效果；上级督办案件和群众举报问题是否真查真改、彻查彻改。
