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购买方直接向农业生产者购进农产品可以凭借农产品销售发票或农产品收购发票进行抵扣。若购进农产品用于生产9%税率货物，以农产品销售发票或收购发票注明的买价，按9%抵扣进项税额；若用于生产销售或委托加工13%税率货物，可按10％抵扣进项税额；若购买方既用于生产13%税率货物又用于其他货物服务，未分别核算的，应按照９％抵扣进项税额。
二
购进流通环节征税的农产品
若销售方是一般纳税人，购买方可凭一般纳税人开具的增值税专用发票进行抵扣。若销售方是小规模纳税人，购买方可凭小规模纳税人代开或自开3%或1%征收率的专用发票进行抵扣，其中，取得3%征收率的专用发票按9%或10%抵扣进项税额，取得1%征收率的专用发票按照1%抵扣进项税额。若进口农产品，可凭海关进口增值税专用缴款书进行抵扣。
三
购进流通环节免税的农产品
纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
政策依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》
《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（2019年第39号）
《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）
《财政部 国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）
《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号）
提示：由于数电票的标签属性，如购买方需抵扣勾选，请开票方务必先归类为农产品收购企业/自产农产品者，方可在开具农产品收购发票/农产品销售发票时，选择【农产品收购】/【自产农产品销售】标签，以进行后续抵扣。
通俗说：
①开票方(即销售方)要去税务大厅处理，把企业归类为农产品收购企业/自产农产品者，当月归类次月生效，才可以选择【农产品收购】/【自产农产品销售】标签。
②在开具发票时，需选择【农产品收购】或【自产农产品销售】标签。
③税收分类编码选择为农产品编码，需选择初级农产品对应的编码。
