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一、留抵退税和加计抵减的定义
1.留抵退税：通俗的说，进项税额大于销项税额形成的
留抵退税就是把增值税期末未抵扣完的税额退还给纳税人。增值税实行链条抵扣机制，以纳税人当期销项税额抵扣进项税额后的余额为应纳税额。其中，销项税额是指按照销售额和适用税率计算的增值税额；进项税额是指购进原材料等所负担的增值税额。当进项税额大于销项税额时，未抵扣完的进项税额会形成留抵税额。
2.加计抵减：可抵扣进项税额均加计10%/15%形成的
适用加计抵减政策的纳税人，当期可抵扣进项税额均可以加计10%抵减应纳税额，不仅限于提供四项服务对应的进项税额。（货物和劳务税司答复）
《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局 海关总署公告2019年第39号）规定：“纳税人应按照当期可抵扣进项税额的10%计提当期加计抵减额。按照现行规定不得从销项税额中抵扣的进项税额，不得计提加计抵减额。”
二、留抵退税和加计抵减的关系
1.抵减前的应纳税额等于零的，当期可抵减加计抵减额全部结转下期抵减，可能有留抵税额；
【例】不考虑其他情况，一般计税项目当期销项税额为120万元，进项税额120万元，应纳税额等于零，无留抵税额；如果进项税额128万元，应纳税额等于零，留抵税额8万元。
2.抵减前的应纳税额大于零，且大于当期可抵减加计抵减额的，当期可抵减加计抵减额全额从抵减前的应纳税额中抵减，没有留抵税额；
3.抵减前的应纳税额大于零，且小于或等于当期可抵减加计抵减额的，以当期可抵减加计抵减额抵减应纳税额至零。未抵减完的当期可抵减加计抵减额，结转下期继续抵减，没有留抵税额。
特别提醒，39号公告第七条第（三）项规定，适用加计抵减政策的纳税人，抵减前的应纳税额等于零的，当期可抵减加计抵减额全部结转下期抵减。因此，加计抵减额不会对期末留抵税额造成影响。（货物和劳务税司答复）
【例】某服务业一般纳税人，适用加计抵减和留抵退税政策。2022年4月，一般计税项目销项税额为120万元，进项税额110万元，上期留抵税额0万元，上期结转的加计抵减额余额5万元，应纳税额10万元（120-110）比当期可抵减加计抵减额16万元（110*10%+5）小，当期应纳税额被抵减至0，未抵减完的加计抵减额余额16-10=6万元，可以结转下期继续抵减。可以看出，加计抵减额余额6万元对应的进项税额已经抵扣了，没有形成留抵税额。
如果上述案例中，进项税额为139万元，则应纳税额等于零的，形成留抵税额19万元（139-120），不考虑其他情况，按规定申请了19万元的留抵退税，结转的加计抵减额余额18.9万元（139*10%+5），其实可以发现申请的留抵退税是加计抵减额余额18.9万元的一部分计算基数（19*10%）；是否要调减加计抵减额余额？
39号公告规定，已计提加计抵减额的进项税额，按规定作进项税额转出的，应在进项税额转出当期，相应调减加计抵减额。根据上述文件规定，对已计提加计抵减的进项税额，按规定作进项转出的，才需要相应调减加计抵减额。另外因为申请留抵税额（调减留抵税额）不属于进项转出，也就不需要调减加计抵减余额或者已抵减的加计抵减额。
再者39号公告同时也规定了增值税期末留抵税额退税制度，也就是说，实施加计抵减政策的时候，已经有了留抵税额退税制度，财政部和总局在制定政策的时候肯定考虑到了上述情形，后续没有明确口径，就应该按照39号公告规定，不调减加计抵减额。
结论（西安税务局答疑原话）：鉴于进项税额与加计抵减额的上述不同性质，企业在办理留抵退税后，已退留抵税额期间的进项税额，其对应已计提的加计抵减额无需做进项税额转出；尚未计提加计抵减额的，仍可按规定计提、在后期增值税“应纳税额”中抵减。也就是说，按规定已计提或尚未计提的加计抵减额，与是否办理留抵退税无关。
