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医院不同于一般的行政事业单位，主要有以下特点：一是人员多，设备多，资金量大；二是公益性，其履行公共服务职能，以保障群众基本医疗服务需求为已任，以维护人民健康为最终目标，兼具公平可及和宏观效率；三是行业风险高；四是效益宽泛，涉及经济、社会、环境等多重效益；五是评价内容多，政策广，专业性强。院长经济责任审计中应围绕医院医疗服务收费，药品购销加价，固定资产投资建设，医疗器材药品采购，重大经济决策，院长尽职履责、医院绩效审计及医疗风险管理等内容开展工作。
一、职能工作完成情况审计
尽职履责审计是经济责任的首要任务，不同职能部门有不同的工作职责。医院职能工作完成情况，具体体现在诊疗次数、出院病人、手术次数及服务质量等方面。对医院职能工作履行情况审计，其审计方法是，首先根据医院的行业特点建立诊疗次数、出院病人、手术次数及服务质量等经济责任审计评价指标，核实审定相关数据，根据总量指标、历史同期水平，采用统计学中的同比方法进行分析对比；其次观察服务质量。主要通过现场观察了解，如医院工作是否井然有序，有无工作人员脱岗，是否有病人排队等候现象；如医疗作风方面，医生是否认真负责、实事求是、仔细观察、一丝不苟；如临床措施方面，病史询问是否全面细致，辅助检查是否宁繁勿简，初步诊断是否有条有理，病情评估是否充分到位，治疗方案是否紧循常规，病历记录是否及时严谨，预先告知是否主动热情，判断预后是否留有余地；如医疗护理方面，护理人员的生理及心理是否健康，是否有高度的警觉性，是否有熟练的技能，是否有优雅的风度，是否对病人体贴，工作是否合作，是否有令人愉快的态度，是否有良好的文化背景，是否满足于所任的工作，是否有牢固的责任，是否能保证检查、给药、处置和治疗等环节的护理质量等；如医疗风险防控方面，医护人员是否做到言行举止谨慎，检诊谨慎，手术麻醉谨慎，诊疗护理谨慎，重症抢救谨慎，重点病人服务谨慎。然后审计评价医院的总诊疗次数、手术次数、出院人数及治愈比例及业务总体发展状况，是否能够基本满足居民就医和增进健康的需要。
二、管理制度及执行情况审计
一是管理制度建立健全情况审计。对内部管理制度建立健全情况的检查，审计时可向医院办公室详细了解医院岗位责任分工及管理制度的制定情况，统计相关管理制度，并研读重要管理制度。二是管理制度执行情况审计。主要是根据医院制定的管理制度进行符合性测试。审计在掌握相关管理制度的基础上，向医院信息管理员、财务科主任、药剂科主任、药品会计等，调查了解会计核算、药品加价及医疗收费等工作的电子控制情况，并进行实质性测试；审查医院账、钱、物分管情况及内部牵制程序；审计有关专款的使用情况；抽查部分原始凭证审计差旅费、招待费等办公费用支出的签报情况；现场突击盘点出纳人员经管的现金；查阅医疗质量管理执行制度的各项记录情况等资料；重点审查医院信息中心、药品管理系统、药品采购平台及财务收费系统的业务流程，以及基建项目控制程序。经审计核实，评价医院岗位职责及分工是否明确，是否建立键全了系统的医院内部管理制度，确定医院制定的财务管理制度、药品价格管理制度、医疗收费管理制度、专项资金管理制度、项目资金管理制度、行政管理制度等重大管理制度，所属各部门、科室是否能够执行，能否用制度管事、管物、管人。
三、财政财务收支情况审计
财政财务收支审计是经济责任审计的突破口。对医院财政财务收支审计，主要通过《现场审计实施系统》采集转换审计年度的财务数据，同时将电子财务数据与纸质报表核对。对报表、账簿和凭证进行常规检查，并利用审计软件中的账表分析器对科目明细账、会计凭证、日记账和会计报表进行系统审查，对财政补助收入、医疗收入、药品收入、其他收入等各项收入的入账情况进行审查，对成本费用的发生、各种预提费用的摊提结转及应交款项进行审查和分析性复核，对药品进销差价的分摊进行重新计算，对固定资产的盘盈盘亏和往来呆账情况进行分析和认定，对盈亏的真实性进行核实。通过审计确定财政财务收支的真实合法性，为医院经济责任审计及审计评价打下良好的基础。
四、重大经济决策情况审计
重大经济决策情况审计，主要采取查阅会议记录、询问座谈的方式进行。主要核实预算收支方案、国家投资建设项目、专业项目采购及施工、行政管理细则、医疗纠纷处理、职工绩效工资分配方案等重大事项，是否能够按照一定程序，经过讨论、研究或咨询有关部门专家。同时通过与有关领导、中层干部、职工代表座谈，了解医院重大事项决策是否能够通过一定程序，民主决策，集体研究决定。从而评价医院重大经济决策，是否合法、民主，经济决策项目达到了预期目标，取得了一定效果。包括重大预算收支管理事项、重大基本建设投资项目及日常重要事情处理等。
五、贯彻执行国家政策情况审计
医院贯彻执行国家政策情况审计，是审计的重要内容。审计时主要是对药品加价、药品采购及医疗收费标准等执行国家政策情况进行审查。药品加价。审计人员首先在医院信息中心数据库，从药品管理系统中，通过现场审计实施系统中的业务采集转换模板，导入了医院所有在库药品及一次耗材等业务数据，生成医院药品数据分析表；然后利用SQL查询语句、Excel计算功能等计算机辅助审计手段，详细检查在库药品（中药、西药、中成药）及一次材料的定价及加价幅度；其次在药品库房随机抽取病人用药清单，将清单上所用药品与医院《药品管理系统》确定的药品零售价格核对，看单价是否相符。然后评价医院药品加价，是否执行了国家发展改革委、财政部、卫生部等8部委办印发的《关于进一步整顿药品和医疗服务市场价格秩序的意见的通知》“县及县以上医疗机构销售药品，要严格执行以实际购进价为基础，顺加不超过15%的加价率作价的规定，中药饮片加价率可适当放宽，但原则上应控制在25%以内。”的规定。一次性材料加价，是否执行了湖北省物价局、卫生厅关于《规范调整省管医疗服务价格实施意见》“特殊器械（材）特殊消耗材料，具体加价比率暂定为：凡进货单价在1000元以下（含1000元）按进价的8%；单价在1000至5000元（含5000元）按进价的5%；单价在5000元以上按进价的3%”的规定。
六、政府投资项目建设情况审计
医院政府投资项目建设情况审计，主要是对医院政府投资项目的立项情况、项目预算的批准与调整情况、年度预算安排情况、资金筹措与实际到位情况、基本建设程序执行情况进行审计。主要审计工程立项、地质勘察、图纸设计、招标投标、施工管理、监理工作、跟踪审计工作、材料采购、专业设备采购、施工管理、基建财务收支等情况。评价医院政府投资建设项目，建设规模和标准是否是经过批准的政府投资项目概算；有无擅自调整建设标准、扩大建设规模、兴建概算外工程等情形；资金是否能够按照规定筹集、管理、拨付和使用，有无侵占、挪用、转移、截留国家建设资金等情形；确定的设计、施工、勘察、测量、监理、采购、供货、招标代理及跟踪审计等单位是否经过招标投标，招投标程序是否合法合规，是否存在转包及违法分包行为；签订的工程施工合同是否合法、有效、完整、可行；工程结算是否真实，其与项目直接相关的基建财务收支是否真实合法。
七、医院环境效益情况审计
主要通过审查医院《医疗废物集中处理协议书》，并到医院化验室、临床护理各科室现场观察。核实医院化验室、临床护理各科室，其医生、护士能否做到将医疗废物、生活垃圾分别入袋，医疗废物是否置于专用包装物（容器）中。医院特定卫生人员能否每天把医疗废物集中装入标记性专用袋箱中，并集中到指定场所封闭管理，医疗废物处置公司是否及时运出医疗废物集中处理。评价医院在加强医疗废物安全管理、防止疾病传播、注意保护环境方面，能否认真执行国务院令第380号《医疗废物管理条例》。
八、医疗风险管理审计
医疗行业是一个高技术、高风险的行业，任何临床活动甚至是极为简单或看似微不足道的诊疗活动都带有或多或少的风险。出了医疗事故不只是赔钱的问题，还有对医院市场份额、医生人身安全的危害以及社会稳定的影响等副作用。世界上任何事物都存在风险，只是大小程度不同而已，但是风险是可以管理的。审计时应注意医院是否有正确的风险理念和意识，是否有防范风险的危机感和紧迫感，制定的《医院质量及医疗安全管理制度》，是否有实质性的内容，是否有可操作性，有没有从医院的社会责任、业务特点等角度，全方位树立全员职工的风险意识；有没有制定出具体的针对风险的量度、评估和应变策略以加强风险管理和防控；医患纠纷发生后是用法律的手段维护医患双方的合法权益，还是对患者习惯于“花钱买平安”、“和谐”了事；对涉嫌责任者是罚款了事，还是认真研究总结事故原因及过程，深刻反思经验教训，出台应对措施；是体制的因素，还是地方政府某些领导错误的理念，抑或是某些部门机关的软弱纵容和失职不作为等综合因素，还是医院的风险管理水平。审计要站在事关医院事业科学发展和社会和谐稳定的高度，把医疗风险管理作为一项重要内容来检查。通过审计，督促医院全面排查医疗风险，加强重点环节和过程控制，制定切实可行的风险防控方案，全方位构建科学的医疗风险防控体系以防患于未然，着力构建和谐的医患关系，真正做到以患者为中心，以社会满意为目标。
