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一、性质不同
城镇土地使用税
是对占用土地资源的行为课税，具有准财产税的性质。
宪法规定城市土地所有权一般归属国家，单位和个人对占用土地只有使用权而无所有权，因此，城镇土地使用税不是严格意义上的财产税。
耕地占用税
在中华人民共和国境内占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设的单位和个人，为耕地占用税的纳税人，应当依照本法规定缴纳耕地占用税。
占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。
本法所称耕地，是指用于种植农作物的土地。
耕地占用税以约束占用耕地的行为为目的，除资源占用税的属性外，还具有明显的行为税特征。
二、征税范围不同
城镇土地使用税的征税范围为城市、县城、建制镇和工矿区。
耕地占用税的征税范围为在中华人民共和国境内占用耕地、园地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面、渔业水域滩涂以及其他农用地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设。
三、适用税率不同
城镇土地使用税每平方米年税额如下：
▼
土地类型
每平方米税额
大城市
1.5元至30元
中等城市
1.2元至24元
小城市
0.9元至18元
县城、建制镇、工矿区
0.6元至12元
耕地占用税每平方米税额如下：
▼
地区
每平方米税额
人均耕地不超过一亩
十元至五十元
人均耕地超过一亩但不超过两亩
八元至四十元
人均耕地超过两亩但不超过三亩
六元至三十元
人均耕地超过三亩
五元至二十五元
四、纳税义务发生时间、缴纳期限不同
▶城镇土地使用税按年计算、分期缴纳。纳税义务发生时间如下：
情形
纳税义务发生时间
购置新建商品房
房屋交付使用之次月
购置存量房
自办理房屋权属转移、变更登记手续，房地产权属登记机关签发房屋权属证书之次月
出租、出借房产
自交付出租、出借房产之次月
新征用的耕地
自批准征用之日起满1年
新征用的非耕地
批准征用次月
以出让或转让方式有偿取得土地使用权的
合同约定交付时间的，合同约定交付土地时间的次月；合同未约定交付时间的，由从合同签订的次月。
通过招标、拍卖、挂牌方式取得的建设用地（不属于新征用的耕地）
▶耕地占用税的纳税义务发生时间为纳税人收到自然资源主管部门办理占用耕地手续的书面通知的当日。纳税人应当自纳税义务发生之日起三十日内申报缴纳耕地占用税。
军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税。
五、友情提醒
《中华人民共和国耕地占用税法》已由中华人民共和国第十三届全国人民代表大会常务委员会第七次会议于2018年12月29日通过，新法已于2019年9月1日起正式实施。
常见问题1：
一次性缴纳耕地占用税还要每年缴纳土地使用税吗？
解析：需要
耕地占用税一般一次性征收，以后不再征税。
土地使用税是在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，就使用土地的行为征收的税。
而土地使用税实行按年计征，分期缴纳。新征用的耕地，自批准征用之日起满1年时开始缴纳土地使用税（因占用耕地要纳耕地占用税）；新征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。
常见问题2：
某房地产企业通过“招拍挂”竞得土地一块。《土地出让合同》中没有约定该地块是耕地，但是在《土地成交确认书》中备注有部分是耕地。房地产企业不缴纳耕地占用税自然资源局不给办理土地证。缴纳了耕地占用税，是否一年之后缴纳城镇土地使用税呢？
解析：NO。国家税务总局公告2014年第74号 国家税务总局关于通过招拍挂方式取得土地缴纳城镇土地使用税问题的公告规定：通过招标、拍卖、挂牌方式取得的建设用地，不属于新征用的耕地，纳税人应按照《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕186号）第二条规定，从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
问题延伸补充案例：恒远房地产公司2014年在A市通过招拍挂获取一宗1000亩土地，在办理土地使用权证时，A市国土局、税务局要求其按照每亩1.5万元缴纳耕地占用税，约计1500万元。该公司提出疑问，招拍挂建设用地属于“净地”，土地出让金都缴纳了，怎么还要缴纳耕地占用税呢？
分析：2015年1月7日国家税务总局发布的《关于〈国家税务总局关于通过招拍挂方式取得土地缴纳城镇土地使用税问题的公告〉的解读》：“目前，地方土地储备中心征用耕地后，对应缴纳的耕地占用税有两种处理方式，一种方式是由地方土地储备中心缴纳，作为土地开发成本费用的一部分，体现在招拍挂的价格当中;另一种方式是由受让土地者缴纳耕地占用税。” 这种表述使耕地占用税纳税人具有选择性和争议性。
第一种方式没有争议，另一种方式在实务中会产生比较大的争议，即是恒远房地产公司取得土地的这种形式，在恒远房地产公司招拍挂土地前，A市国土部门代表政府统一办理农用地转用批准文件中无法标明建设用地人。因此，应认定A市国土部门为用地申请人，即为耕地占用税的纳税人。恒远房地产公司通过公开拍卖出让方式竞得该宗地土地使用权，成为占用该地从事非农业建设的实际用地人，属于该宗地耕地占用税的实际税负人，即作为该宗土地受让人代国土局缴纳了耕地占用税，国土局应为恒远房地产出具收款凭证。
本文部分内容来源于 厦门税务
