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建筑总承包企业提供建筑服务，适用简易计税方法计税时，允许差额扣除所支付的分包款，适用3%的征收率计算缴纳增值税。那么分包方适用免税、适用1%征收率、适用3%征收率甚至适用一般计税方法计税时，对其应纳税额是否有影响？
答案是：只要分包款的含税价款不变，无论分包方适用多少的税率或征收率，总包方缴纳的增值税均不变。
例1 A公司为一般纳税人，所属某项目为甲供项目，适用简易计税方法计税，项目所在地与机构所在地在同一地级行政区，2020年5月自业主方收取工程款309万元，支付分包款103万元，取得对方开具的增值税普通发票，税率为3%，税额为3万元，分包单位为一般纳税人劳务公司，适用清包工简易计税。
该项目应纳税额=（309-103）÷1.03×3%=6万元
例2 假定例1中的分包单位为湖北省的小规模纳税人，支付的分包款仍为103万元，取得对方开具的免税普通发票，税率「免税」，税额为「***」，其他条件不变，则
该项目应纳税额=（309-103）÷1.03×3%=6万元
例3 假定例1中的分包单位为一般纳税人，且对此项目选择了一般计税方法计税，支付的分包款仍为103万元，取得对方开具的增值税专用发票，税率「9%」，税额为「8.5万元」，其他条件不变，则
该项目应纳税额=（309-103）÷1.03×3%=6万元
我们可以同样证明，当分包方适用1%征收率时，只要它开具的发票价税合计数保持103万元不变，A公司该项目的应纳税额还是6万元。
这是因为，差额扣除不是税额减税额，而是含税销售额减含税销售额，然后以差额按照总包方适用的征收率进行价税分离，分包交不交税，按照多少交税，都不影响总包的应纳税额。
还要提醒的是，总包企业在进行成本核算时，要注意分包款差额扣除的会计处理，「应交税费—简易计税」科目的借方发生额永远等于含税分包款÷1.03×3%，与分包款发票上注明的税额无关。
以例3为例，支付分包款时，假定A公司适用新收入准则：
借：合同履约成本—人工费 100
应交税费—简易计税—扣除 3
贷：银行存款 103
尽管分包方开具的专票为9%的税率，税额为8.5万元，但在会计处理时，「应交税费—简易计税」科目的借方数却为3万元，也就是说分包款对总包方税额的抵减作用只有3万元。
