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工程结算审计的第一依据是施工合同，把握合同的要点，对于工程结算审计的准确性是十分重要的。对照合同，主要审核内容包括是否具备办理竣工结算的条件；合同工期、质量、违约责任等条款是否完全履行；合同约定的结算方式以及合同价款的调整因素是否与投标文件承诺相符；合同结算条款是否贯彻执行等等。
2、工程量的审核。
工程量是工程造价计算的基础，工程量的真实性和准确性对工程造价的影响很大。在审核工程量时，首先应熟悉施工图纸和工程量计算规则，全面了解工程变更签证情况，并按现场查勘表进行仔细核对。内审人员尤其要对工程投资有重要影响的项目，如土石方、地基、围护结构等工程量进行重点核查，审核工程量有无多计、重计或漏计以及计算单位是否一致。要特别关注隐蔽工程的工作量。
3、定额套用的审核。
定额套用是否合规、合理和准确，直接影响单价的高低。审核定额子目选用是否合规、恰当，有无高套、重套或多套现象；人工、材料、机械单价是否与合同约定计价一致；定额换算是否合规，换算方法是否合理和准确，是否存在不按定额综合解释和换算系数换算等情况。
4、取费的审核。
审核各项费用是否按照相应文件进行计算；工程类别划分是否正确；工程取费是否按照相应计算基数和费率标准执行，利润和税金的计算基数、利润率、税率、安全文明措施费率是否符合规定；材料是否按合同规定计价；单价下浮或总价下浮计算是否正确；在结算中是否存在应扣未扣的费用，如预付款、代购材料设备款、质量工期罚款等。
5、材料差价的审核。
材料费是工程造价的一大组成部分，一般占到工程造价的60%左右。随着国家供给侧改革以来，环境保护政策越来越严格，改革对钢材、水泥等大宗物资产能的影响巨大，导致建材价格变动很大。审计时应根据合同约定调整材料的种类、风险幅度和调整方法等条款，结合相关政策文件、材料价格市场调查信息、发票单据、购销合同等，复核计算材料用量，确认材料市场价或物价指数，审核材料差价金额。
6、签证的审核。
一是全面审计法。
