财政专项资金的使用是各级政府年度预算执行的重要组成部分，也是预算执行审计监督的重点。多年的预算执行审计中发现，财政专项资金违规使用的情况比较常见，如何揭露这些问题，规范专项资金的使用，在此，列举几种主要违规做法及审计方法。
一、虚列
较为普遍的一种方式，一般做法是财政或专项资金使用单位，列报支出，实际并未拨入专项资金使用单位或项目，而直接转入暂存款长期挂账，形成事实上的占用。检查的主要方法是：详细审查暂存款科目，逐项落实形成时间，款项性质，一并检查单位的经费是否超支，如果超支且无其他资金来源，可认定为挤占、挪用专项资金。
二、假配
有些上级专项资金需要下级配套，而下级实际并没有真正配套，但为应付上级检查，采取虚假配套的作法。主要表现形式一是干脆不配套，也不做任何账务处理；二是虚走一笔账，如从部门单位或政府调入资金作为配套，之后又原封不动地拨回，配套资金并没有用在项目上，仅仅套取了上级专项资金。检查中要注意收集上级下达专项资金文件，对文件中需要配套的专项资金项目要重点检查，直接延伸审计到项目使用单位，调查专项资金及配套资金的到位情况。
三、直借
这种现象主要发生在财政的专项资金专户或专项资金使用单位，将资金借出用于非专项资金使用单位或项目，违反了专户管理、封闭运行、专项资金专用的原则。结合对专户的检查，暂付款项的检查可发现此类问题。
四、结转
财政部门对有些上级专项资金滞留在总预算，有些结转下年使用，有些直接平衡预算。检查的主要方法是：在预算执行审计和财政决算审计中，注重向被审计单位索取历年来结转下年支出的具体项目，结合对专项资金使用明细账、总账和财政决算报表的审计发现问题。
五、转圈
财政部门或专项资金使用单位将专项资金拨下去后，通过一系列的账务处理，再将资金转回，有时是转回原账户，但是大多数情况是转到其他账户以躲避检查。一般是发生在专项资金拨付比较频繁的年终和年初进行。检查中要对年终的大额专项资金支出作为重点，延伸到下一级或几级，另外对一些专户的非正常收入也要详细调查其来源的合理合法性。
六、投资
用专项资金投资成立企业或公司，实现利润后作为机关经费使用。另外有的单位用专项资金作为成立新公司或中心之类的注册资本，验资后再收回等。应对专项资金账户的暂付或对外投资科目进行详查，对借给下属单位资金，或在机关经费中对上缴收入较多下属单位下审一级，往往能发现此类问题。
七、转移
通过办理虚假会计业务将专项资金转移到其他账户或小金库中，其做法往往是专项资金使用单位在购置工程所用物资材料或对外承包工程中，利用发票管理中的漏洞，从税务部门代开发票或从供货单位开具假发票等套取资金，存入单位另立的账户中，用于单位和个人的挥霍。这种情况在常规审计中很难发现，通常在专案审计或有内部举报的情况下才能发现。