被审计单位审计发现问题的整改结果，一直是审计部门督促、跟踪和落实的工作重心，需要审核把关被审计单位提交的审计整改情况报告及相关的证据资料，察看审计整改实地、实物、实证，确认审计整改实际情况，必要时走访相关人员，并对整改的及时性、完整性、真实性作出评定，以避免和防范被审计单位表面整改、敷衍整改、虚假整改。
审计整改报告内容主要包括:审计处理处罚执行情况、审计建议落实情况、审计查出来问题的整改结果、尚未整改到位问题及其原因，继续整改的措施和整改时限等。实行审计整改情况动态管理，建立健全审计整改台账，督促、指导被审计单位严格落实审计报告和审计决定，采纳审计建议，进行整改销号。对被审计单位未在规定时间内整改落实到位、又未说明原因或原因不充分，向审计机关反馈的整改落实情况严重失实，对被审计单位主要负责人进行约谈。
被审计单位积极进行整改但未整改到位或者存在整改较难的，可以适当延长整改期限。在延长期限内仍未完成整改的，被审计单位应当向审计机关说明尚未整改到位的原因及整改期限、计划等情况。
审计发现问题整改认定坚持“依法依规、讲求证据、注重实效”的原则。审计整改印证材料包括：整改的财务凭证、书面证明、办理事项回复、审批审核文件和制度文本等。
认定标准分为已整改、整改中和未整改三类：
一、已整改的认定标准
1.已按审计决定执行的；
2.需要整改的具体问题金额或数量，已如数上缴、退还、收回、没收、罚款、核销、处置和进行账务调整的；
3.审计前或审计期间已经终止违规行为、消除违规行为后果，并采取措施杜绝隐患和加强监管的；
4.因被审计单位整改手段所限，要求通过司法途径解决，司法机关已经受理，且已裁决或已采取财产保全措施的；
5.因既成事实难以纠正、需要在今后杜绝的，被审计单位已在党委（党组）会议或行政办公会上进行通报、专题研究相关问题整改工作，完善相关制度或对相关责任人员依法依规进行了处理，领导干部经济责任审计发现问题纳入所在单位领导班子民主生活会及领导班子成员述责述廉的内容，采取具体防范措施积极整改的。
6.虽然采取了与审计处理意见不尽一致的整改措施，但整改措施合规合法，且更符合被审计单位或当地的实际情况，并达到审计预期目的或预期成效的；
7.其他有效证明及情况。
二、整改中的认定标准
1.已部分执行审计决定的；
2.需要整改的具体问题金额或数量，已制定了详细整改方案、明确了责任人员、整改时间节点及目标要求，且部分问题金额或数量已上缴、退还、收回、没收、罚款、核销、处置和进行账务调整的；
3.因被审计单位整改手段所限，要求通过司法途径解决，司法机关已经受理的；
4.因问题复杂或涉及历史遗留问题，被审计单位已根据实际情况，研究提出解决问题的具体办法，但需主管部门或盟行署（本级人民政府）审批，且已按要求报批的；
5.审计整改涉及多项内容，已根据有关审计意见进行了部分整改的；
6.其他有效证明及情况。
三、未整改的认定标准
1.未执行审计决定的；
2.未按照审计处理意见要求采取必要措施纠正问题或加强管理的；
3.对审计查出的问题，超过整改时限，既无整改计划、又无整改措施，问题仍然存在的；
4.虽然制定了整改方案，但超过整改时限均未实施的；
5.未按要求向审计机关报送整改结果报告的；
6.其他有效证明及情况。