一、基本区别
1.主体资格不同：子公司具有独立的主体资格，享有独立的法人地位。而分公司则不具有独立的民事和商事主体资格，仅仅是本公司的分支机构，不具有法人资格。
2.纳税人身份不同：子公司是独立纳税人，分公司可能是独立纳税人（如增值税），有可能不是独立纳税人（如企业所得税）
3.是否独立核算：子公司肯定是独立核算，分公司不一定是独立核算
二、如何涉税安排，关键看需要安排什么税种
1.增值税安排：子公司和分公司都可以实现
【例】想安排企业为一般纳税人+小规模纳税人（享受一些税收优惠政策）的架构，子公司和分公司都可以，因为分公司可以单独成为增值税纳税人，比如总公司是小规模纳税人，分公司可以是一般纳税人；反过来也可以。
【提醒】对于符合特定条件的纳税人，经审批后，增值税可以由总机构汇总缴纳，分支机构按审批后的比例预缴。
2.企业所得税安排：就要分具体情况了
【例】比如高新技术企业优惠、小型微利企业政策，就是按照总分公司口径享受；母子公司可以分别享受
再如海南自贸区、西部大开发优惠政策，分公司和总公司可以分别享受，母子公司也分别享受
3.个人所得税安排
分公司做了税务登记，可以单独扣缴个人所得税；子公司肯定单独扣缴个人所得税
【例】《关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）：跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。
《个人所得税法》第八条规定：“个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。因此，分支机构的个人所得税的缴纳地点会不相同。
实务中，建筑企业为避免被在异地工程作业所在地税务机关核定征收个人所得税，可以安排分公司办理全员全额扣缴明细申报，当然也可以总分公司分别办理全员全额扣缴明细申报。
4.房产税安排
房产税的纳税义务人是产权所有人，征收机关是由房屋所在地税务机关，分公司使用总公司的房产，应由分公司在房产所在地申报缴纳房产税。