一、留抵退税是否缴纳企业所得税——不缴
企业取得的增值税期末留抵退税额退还将导致未来可抵扣的增值税减少（留抵税额，虽是负债类科目应交税费，但是为负数，相当于资产，相当于国家“欠”企业的税，只是以前不退，抵未来的税款，具有资产性质），实质上未给企业带来经济利益收入，不涉及企业收入的确认。因此，不需要缴纳企业所得税。
【补充】从会计分录的处理角度，也可以看出留抵退税并未影响企业损益。
二、留抵退税是否影响附加——不影响
《中华人民共和国城市维护建设税法》(中华人民共和国主席令第五十一号)规定：城市维护建设税以纳税人依法实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据。城市维护建设税的计税依据应当按照规定扣除期末留抵退税退还的增值税税额。
《财政部 国家税务总局关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税 教育费附加和地方教育费附加政策的通知》（财税2018年第80号）规定:对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。
根据《财政部 税务总局关于城市维护建设税计税依据确定办法等事项的公告》（财政部 税务总局公告2021年第28号）第一条规定，城市维护建设税以纳税人依法实际缴纳的增值税、消费税税额(以下简称两税税额)为计税依据。依法实际缴纳的两税税额，是指纳税人依照增值税、消费税相关法律法规和税收政策规定计算的应当缴纳的两税税额(不含因进口货物或境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的两税税额)，加上增值税免抵税额，扣除直接减免的两税税额和期末留抵退税退还的增值税税额后的金额。第二条规定，教育费附加、地方教育附加计征依据与城市维护建设税计税依据一致，按本公告第一条规定执行。第三条规定，本公告自2021年9月1日起施行。
《关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）中对期末留抵退税退还的增值税的口径、应扣除期限、允许扣除的情形和特殊情况下未扣除完的余额如何处理等问题进行了明确，具体如下：
1.纳税人自收到留抵退税额之日起，应当在下一个纳税申报期从城建税计税依据中扣除。
2.留抵退税额仅允许在按照增值税一般计税方法确定的城建税计税依据中扣除。当期未扣除完的余额，在以后纳税申报期按规定继续扣除。
3.对于增值税小规模纳税人更正、查补此前按照一般计税方法确定的城建税计税依据，允许扣除尚未扣除完的留抵退税额。
三、缴回已退还的全部留抵退税款是否能继续抵扣——可以
纳税人按规定向主管税务机关申请缴回已退还的全部留抵退税款时，可通过电子税务局或办税服务厅提交《缴回留抵退税申请表》。纳税人在一次性缴回全部留抵退税款后，可在办理增值税纳税申报时，相应调增期末留抵税额，并可继续用于进项税额抵扣。
四、留抵退税与加计抵减的关系——互不影响
1.鉴于进项税额与加计抵减额的上述不同性质，企业在办理留抵退税后，已退留抵税额期间的进项税额，其对应已计提的加计抵减额无需做进项税额转出；尚未计提加计抵减额的，仍可按规定计提、在后期增值税“应纳税额”中抵减。也就是说，按规定已计提或尚未计提的加计抵减额，与是否办理留抵退税无关。
2.加计抵减政策属于税收优惠，按照纳税人可抵扣的进项税额的10%或15%计算，用于抵减纳税人的应纳税额。但加计抵减额并不是纳税人的进项税额，从加计抵减额的形成机制来看，加计抵减不会形成留抵税额，因而也不能申请留抵退税。
五、留抵退税会计分录——应交增值税（进项税额转出）
增值税一般纳税人应当根据《增值税会计处理规定》的相关规定对上述增值税期末留抵退税业务进行会计处理，经税务机关核准的允许退还的增值税期末留抵税额、以及缴回的已退还的留抵退税款项，应当通过“应交税费——增值税留抵税额”明细科目进行核算。纳税人在税务机关准予留抵退税时，按税务机关核准允许退还的留抵税额，借记“应交税费——增值税留抵税额”科目，贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目；在实际收到留抵退税款项时，按收到留抵退税款项的金额，借记“银行存款”科目，贷记“应交税费——增值税留抵税额”科目。纳税人将已退还的留抵退税款项缴回并继续按规定抵扣进项税额时，按缴回留抵退税款项的金额，借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税费——增值税留抵税额”科目，同时借记“应交税费——增值税留抵税额”科目，贷记“银行存款”科目。
六、增值税期末留抵退税相关现金流量——收到的税费返还关的现金
企业收到或缴回留抵退税款项产生的现金流量，属于经营活动产生的现金流量，应将收到的留抵退税款项有关现金流量在“收到的税费返还”项目列示，将缴回并继续按规定抵扣进项税额的留抵退税款项有关现金流量在“支付的税费”项目列示。