股权收购，是指一家企业 （以下称为收购企业）购买另一家企业（以下称为被收购企业）的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。
股权收购的涉税处理中，最核心的就是各方取得新股权（资产）计税基础的确认问题。
股权收购与资产收购相似，股权收购符合有关条件并选择适用特殊性税务处理的，也可享受递延纳税的待遇。财税〔2009〕59 号文件规定，符合有关条件并选择适用特殊性税务处理的，对于股权支付部分，转让方无需确认所得，被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定，收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。对于交易中的非股权支付部分，仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。上述规定包含的税务处理应有以下几个方面：
1.非股权支付的部分，正常缴纳企业所得税。
被收购企业的股东应按照下述公式计算股权转让应确认的所得。计算公式为：被收购企业的股东应确认的与非股权支付对应的股权转让所得或损失＝（被转让股权的公允价值- 被转让股权的计税基础）×（非股权支付金额÷ 被转让股权的公允价值）。
企业有所得，需要正常缴纳企业所得税。
2. 股权支付的部分，延迟缴纳企业所得税。
被收购企业的股东取得收购企业支付的股权的计税基础，在存在非股权支付的情况下，应以转让股权原有计税基础为基础，加上确认的所得或损失，再扣减从收购企业获得的非股权支付的公允价值。计算公式为：
被收购企业的股东取得收购企业支付的股权的计税基础＝转让股权的原有计税基础+ 被收购企业的股东确认的所得或损失- 收到的非股权支付的公允价值。
对上面的公式进行推导，可以得出：
转让方取得收购企业股权的计税基础=转让方出让股权的原计税基础*股份支付比例
被收购企业的股东卖了股权，没得到真金白银，只是又得到另一家企业的股权，因此，这种情况暂不纳税。
3. 收购企业取得收购的股权的计税基础，在存在非股权支付的情况下，应以该股权原有计税基础为基础，加上被收购企业的股东确认的所得或损失。计算公式为：收购方取得收购的股权的计税基础＝收购的股权的原有计税基础（对应股权支付部分）+ 被收购企业的股东确认的所得或损失（对应非股权支付部分）。
案例一：甲公司持有A公司100%的股权，初始投资成本及计税基础均为6000万元，公允价值8000万元。甲乙双方不属于同一控制下的企业，乙公司拟向甲公司定向发行公允价值为8000万元的股份，收购其持有的A公司100%的股权。如满足59号文中的条件，可选择适用一般性税务处理或特殊性税务处理。以下分别对两种处理方式的企业所得税进行分析：
解析：本案例中乙公司为收购企业，A公司为被收购企业，甲公司为被收购企业的股东。
重组时：
股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：
1.被收购企业的股东（甲公司）取得收购企业（乙公司）股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
2.收购企业（乙公司）取得被收购企业（A公司）股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
①一般性税务处理
采取一般性税务重组的，59号文第四条第三项规定：“被收购方应确认股权、资产转让所得或损失；收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
甲公司转让A公司股权，会计和税务上，甲公司都应当以公允价值8000万元确认转让收入。
投资收益=（8000-6000）=2000万元
企业所得税=2000×25%=500万元
甲公司获得乙公司股权支付为对价，会计上以公允价值8000万元入账，计税基础为8000万元。
乙公司受让A公司股权，会计上以公允价值8000万元入账，计税基础为8000万元。
②特殊性税务处理
甲公司转让A公司股权，会计上确认投资收益2000万元，但税务上不确认投资收益，因此不产生应纳税所得额，但会产生税会差异，企业所得税汇算清缴时需要填表调整，填A105100 企业重组及递延纳税事项纳税调整明细表。
被收购企业的股东（甲公司）取得收购企业（乙公司）股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此，甲公司获得的乙公司股权，会计上以公允价值8000万元入账，计税基础为6000万元。
收购企业（乙公司）取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此，乙公司受让的A公司股权，会计上以公允价值8000万元入账，计税基础为6000万元。
被收购企业A公司的所得税事项不变。
案例二：甲公司持有A公司100%股权的计税基础是6000万元，现乙企业收购甲公司持有的A公司100%股权，收购价格是8000万元。支付方式为:乙企业发行股份支付7400万元，现金支付600万元。如其他条件满足，双方选择特殊性税务处理。
解析：本案例中乙公司为收购企业，A公司为被收购企业，甲公司为被收购企业的股东。
股权支付金额占交易金额比例为92.5%=7400/8000
被收购企业的股东（甲公司）取得收购企业（乙公司）股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此，调整后被收购股权的计税基础=原股权的计税基础-收到的非股权支付额+取得非股权支付部分对应的股权转让所得=原股权的计税基础*股权支付比例
甲公司确认股权转让所得: (8000-6000) × 600/8000=150 (万元) ;
对于非股权支付部分确认所得应缴纳企业所得税=150×25%=37.50万元
甲公司调整后被收购股权的计税基础=原股权的计税基础-收到的非股权支付额+取得非股权支付部分对应的股权转让所得
=6000*92.5%=5550 (万元) ;
收购企业（乙公司）取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此，乙企业确认取得A公司股权的计税基础
可以看成两部分，一部分是用股权购买，一部分是用现金购买。
=5550+600=6150 (万元)
被收购企业A公司的所得税事项不变，只是股东由甲公司变为了乙公司。