随着经济不断发展，生态环境状况越来越为大众所关注，日益成为衡量地方主要领导是否称职的指标。生态环境审计也显得尤为重要，笔者认为，生态环境审计应重点把握以下几个方面:
一、把握审查生态环境资金使用与治污成效相结合
重点关注项目竣工投入运营后，是否达到设计能力或环境治理标准，是否造成损失浪费;对项目投产后的实际产量、成本、质量进行核实，并与项目设计文件中规定的指标进行比较，分析实际生产能力是否达到设计要求;审查是否存在对项目后期管理不严格，影响效益发挥的问题;审查有无因立项不准、管理不善、决策失误等造成项目投资失败，未达到预期效果的问题。
二、把握生态环境重点项目建设及监测情况
重点审计城镇污水处理设施及配套管网，以及重点流域水污染防治项目;电力、氧化铝等高污染企业的脱硫设施等项目，要特别注意审计环保部门每年都投入大量资金用于环保设施建设，通过建立远程监控系统、预警系统等方法对企业排污情况实施监控情况及效果。
三、把握部门履行生态环境责任情况
地方政府作为履行生态环境责任的第一责任人，应重点审计其生态环境工作问责制度的建立、考核和监督情况; 生态环境目标和任务分解、落实到位情况;责任主体是否明确，未完成目标和责任问责情况。对发改、环保部门履行责任情况也要加强审计，促进工作机制健全，节能执法和监管职责履行到位。
四、把握领导干部在发展“绿色经济”中的直接责任和主管责任
在直接责任方面，一是加强经济指标审计，重点分析政绩成本，监督和制约不计成本和代价的重复建设、资源浪费、生态环境破坏等行为，促进领导干部树立“绿色”政绩观。二是突出重大经济事项决策程序和效果审计，对推动结构调整和经济增长方式转变、促进经济可持续发展的职责履行情况予以政监督和评价。在主管责任方面，关注国家生态环境策和节能降耗指标的贯彻执行情况，对生态环境专项资金的征收、管理和使用情况进行审计，并对建设项目环境影响评价制度执行情况及重点生态环境公共支出的效益性进行审计。
五、把握生态环境资金发挥整体效益情况
沿着资金主线，重点审计生态环境专项资金的筹集、分配、拨付、使用是否规范;关注生态环境建设项目资金是否存在被闲置、截留、挪用等重大违法违规问题。审计人员在审前调查和账面数据取证的基础上，应顺着资金流向，延伸到资金末端，关注资金是否真正发挥整体效益。