国家税务总局网站答：根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条、《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）第二条、《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)第二条规定，纳税人购进农产品，从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物的，按照10%的扣除率计算进项税额。
因此，你公司购进农产品，如销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减征增值税政策，开具3%征收率的增值税专用发票，你公司取得了小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票，即可按上述规定计算抵扣进项税额。