基本建设工程竣工财务决算审计是实施基本建设项目的最后一个环节，也是整个工程建设的重要控制环节之一。2016年，财政部发布了《基本建设项目竣工财务决算管理暂行办法》和《基本建设项目建设成本管理规定》，对建设单位的财务决算提出了规范性要求。对审计的中介机构来说，也是其审计的重要指引。
- 审计计划和总结阶段引入风险导向审计理念
风险导向审计不仅体现在年报审计工作底稿中的风险评估、流程测试、实质性测试程序中，专项审计也应将这种理念贯穿始终，才能切实规避审计风险。基本建设工程竣工财务决算审计的底稿应该如何设计，目前缺少一个标准的文件，会计师事务所应结合实际情况，制定适合的工作底稿模板，并将风险导向审计理念引入其中。
在审计的计划阶段，业务承接评价和风险评估说明是必不可少的重要程序。在项目的承接过程中，执业人员应适当了解项目的基本情况，同时关注项目的业务来源、项目实施单位管理层的基本情况、客户的诚信程度等。在对项目的情况进行调查后还应对自身的专业胜任能力、独立性等作出判断，同时计算项目的预计收费及预计成本，以确定本项目是否可以承接。
在决定承接项目后，还应对被审计项目作进一步的了解，重点关注以下内容：（1）基本建设财务管理基础工作是否健全，内部控制制度是否完整；（2）是否编制了完善的财务竣工决算报表和决算说明书；（3）是否使用财政资金，是否专款专用；（4）是否严格执行项目财政资金预算，是否按规定调整预算；（5）建设成本是否超过批准建设内容、是否符合合同协议，有无非法收费和摊派，是否有工程报废损失；（6）提供的基本资料是否完整，被审计单位的配合程度如何等。
根据了解的被实施单位的基本情况，确定项目的风险程度，并据此制定审计计划，确定需要重点关注的问题，制定重要事项的审计程序。
在审计总结阶段，审计人员应对审计过程中发现的问题给予汇总，并通过与建设单位管理人员的沟通与交流，进一步判断本项目的风险，综合考虑确定审计结果以及需要在报告中披露的重要事项。
- 实质性程序中应关注的重点事项1、项目执行情况与概算的比较
工程竣工决算审计中，应将实际执行情况与预算作比较，分析存在差异的原因。与预算作比较包含两方面的内容：
一是将实际完成的工作量与预算工作量作比较，确定是否按照预算实施工程，是否有增做的工程。如工程量差异较大，是否有概算变更的相关文件。对发生停建、缓建、迁移、合并、分立、重大设计变更等变动事项和其他特殊情况确需调整的项目，项目建设单位应当按照规定程序报项目主管部门审核后，向财政部门申请调整项目财政资金预算。
二是将决算金额分项目与批准概算数比较，对超支和节余项目，应分析其原因是否合理。特别关注支出的发生是否合理，对超过批准建设内容的支出、不符合合同协议的支出、无发票或发票项目不全及缺少批准手续的支出、非本单位原因造成的应向外部实施单位索赔的损失、达到验收条件后三个月后发生的支出等，一律不应计入项目的支出。
2.关注资金来源是否合理
在关注资金来源时，首先要确认本项目为经营性项目还是非经营性项目。具体项目的经营性和非经营性性质划分，由项目主管部门会同财政部门根据项目建设目的、运营模式和盈利能力等因素核定。
对于非经营性项目，会计师事务所在审计的过程中应索取项目的相关批复以及资金的批复文件，确定资金来源的渠道，并审核有无按照批复的要求拨付资金。对于经营性项目，建设单位主体应筹集一定比例的非债务性资金作为项目的资本金，目的是为了防范资金不足的风险，避免烂尾工程的发生。会计师事务所在审核过程中，应核实其资本金的到位情况，确定资金来源是否合理。此外还需要重点关注其在项目实施过程中资金是否抽逃。
3.审核建设成本的发生是否符合相关要求
建设项目的成本一般包括：建筑安装工程投资支出、设备投资支出、待摊投资支出和其他投资支出。待摊支出是属于不能单独形成资产的各项费用以及税金支出等，应该分摊计入相关资产价值。其他投资支出则是指房屋购置、办公家具器具等支出。对于建设成本的审核，应着重关注以下方面：
（1）关注建安工程是否按工程决算价格付款结算。首先应获取施工合同，了解工程价款结算办法、材料供应方式、施工合同总金额等内容；第二，取得施工中标通知书，了解中标价格是如何规定的，与施工合同中关于结算金额的约定是否相符；第三，获取工程竣工结算报告，关注其成本的列支是否合理。第四，检查建筑工程支出的原始凭证是否完整，如施工合同、发票、付款申请单等是否完整，计价是否正确。
（2）关注甲供材工程。审核时，会计师事务所可以将工程结算审核报告后附的甲供材料明细表与建筑工程领用的材料清单进行核对，并选取部分材料与工程量清单核对，以为了核实甲供材是否均已使用于建设工程，防止舞弊。
（3）关注合同的履行情况及债权债务情况。对于一个建设项目，会计师事务所在审核过程中，在对施工合同审核时，应特别关注尚未履行完毕的合同以及未履行的合同。审计人员应和工程实施部门、档案管理部门等一起对合同进行梳理，确认尚未履行完毕的合同和未履行的合同是否还需要履行，如仍需要履行，应据此暂估施工成本和应付账款，确保工程造价金额的完整性。对于已经履行完毕的合同，应结合工程结算审计情况，确认其确认的成本金额是否合理。同时，应根据合同确认应保留的质保金余额是否合理。对合同的履行进行审核，是确保造价金额准确、债务确认合理的关键。
（4）关注待摊支出的分配是否合理。待摊支出主要是指不能归集于某一个项目，不能单独形成资产的费用和税费等。主要包括项目的前期费用、征地补偿费、缴纳的税费、融资费用以及中介机构服务费等。应根据合同，测算勘察设计费、招标代理费、工程审计费、监理费、建设期贷款利息费等，与工程决算报表中列支金额进行核对，确认是否均准确计入决算。对待摊支出所涉及的合同与账面进行核对，确认是否全部入账，对于尚未支付但应计提的费用，应根据合同签订金额予以暂估入账。抽查相关的记账凭证，检查是否确实发生，票据是否完整，金额是否准确，是否应由该建设项目承担、支出是否符合国家有关规定。在待摊支出审核中，应特别注意，工器具购置费、备品备件购置费、土地征用费、车船购置费等，因其可单独形成资产，应单独作为资产入账，在其他投资中核算，不得混入待摊支出中进行分摊。此外需要注意的是，设备调试费用虽在待摊支出中核算，但应属于直接归属于设备的支出，不应由建筑和安装费用承担。
4.现场盘点交付使用资产，重点关注是否实际实施，是否属于本项目的工程
现场勘察是一项重要的审计程序，是为了核实支出确实已实际发生、交付使用的资产真实存在。现场勘察的主要依据资料为建设单位编制的交付使用资产清单。现场勘察应由审计单位、工程实施单位、决算编制单位共同派人参加，形成共同见证的盘点表。现场勘察应特别关注现场查看的资产是否确实为本建设项目形成的资产。尤其是分期建设的项目尤为需要注意，是否确实为本期工程项目建设的资产。对于设备类资产，不仅查看实物存在，还应将铭牌与交付资产进行核对。现场盘点工作结束后，应形成由参与盘点的人员共同签字的盘点表，作为在建工程结转固定资产的依据之一。
5.其他应关注事项
除上述应关注的事项外，审计人员在审核过程中还应关注尾工工程及基建收入等。根据规定，项目一般不得预留尾工工程，确需预留尾工工程的，尾工工程投资不得超过批准的项目概（预）算总投资的5%。审计人员在审计时应关注尾工工程的预留是否有相关的依据，保留的投资余额是否在规定的限额内。基建收入是指在基本建设过程中形成的各项工程建设副产品变价收入、负荷试车和试运行收入以及其他收入。基建收入在扣除相关费用并依法纳税后，其净收入应冲减在建工程的建设成本。审核中应着重关注的是，有无将未按照规定办理竣工验收的经营性项目实际的收入计入基建收入管理。