一、立项原则
1、关注国家重点基础设施建设项目。国家重点基础设施建设项目是由国家发展战略方向确定的，体现了政府治国的理念和重大的社会关切，这部分基础设施建设项目是否做到经济有效不仅关系到财政资金有效利用，更是关系到国家产业政策是否科学、政府执政能力是否健全、国计民生能否落实的大事，所以要选取国家重点基础设施建设项目开展绩效审计。
2、选择有适当绩效评价标准的项目。基础设施建设项目中有些项目没有适当的绩效评价标准，或者说评价标准模糊，没有体系，无法通过具体的数据衡量，例如，水库建设项目，除了增加多少立方蓄水量、抵御若干年一遇的洪水等指标外，无法通过绩效评价体系对该项目进行评价，这就对绩效审计工作带来极大障碍，导致审计失败。所以选择有适当绩效评价体系，或者通过设计能够取得较为完善评价体系的项目是开展绩效审计的前提。
3、要具有时效性。一般基础设施建设项目执行期长，建设期跨越几个甚至十几个年度，在对其进行绩效审计的时候，一定要把握国家当下关注项目实施效果的时间节点，只有这样，审计成果才会成为指导政府决策的依据，使决策者能够因时因势地指导项目实施或运营，避免浪费，充分发挥外资效果。
二、审前调查
1、熟悉掌握项目立项的相关信息。基础设施建设项目立项已经通过了主管部门的层层审查，整个项目申请过程也会有专家对项目本身进行考察论证，所以可以说其可行性研究报告是具有一定的科学性和可操作性的。审计人员通过对项目可行性研究报告的学习熟悉，能够很快了解项目基本信息，从中发现需要的绩效评级指标体系和评价标准。
2、弄清项目绩效评价所涉及的单位。在熟悉了项目可行性研究报告后，审计人员就能够较快地发现基础设施建设项目特别的绩效评价体系（不同的项目评价体系也不同），也可以从项目规划及各种目标效益指标中得知该项目从建设到建成预计会达到的成效，这也就是将来的评价标准。利用上述指标尽快确定一套完善的评价体系，这些指标数据的提供方就是绩效评价所涉及的单位了。
3、熟悉项目执行单位管理及组织构建情况。审计人员应在审计调查阶段就深入了解项目执行单位的管理情况、组织构架、财务管理状况等信息，这些信息会使审计人员能够在进驻项目执行单位后很快开展工作，提高整个审计工作效率，并对发现的问题及时沟通，最终达到审计目的。
三、审计实施方案
在充分学习和审前调查的基础上，制定周密细致的审计实施方案。方案中应明确绩效审计评价指标体系：项目可行性研究报告的效益指标、营运后各项效益指标实现的情况、项目建设过程中有无损失浪费、当前经济建设和社会关注的重要指标实现情况、还贷能力、项目安全、持续发展等情况。
在实施方案中应确定审计内容和重点：一是项目立项、设计决策等审批过程。审查是否有系统、科学的项目立项、设计决策、项目可行性研究和审批过程；审查是否建立严格完善的项目建设管理体制和制度。二是项目目标完成情况。对照项目可行性研究报告和其它立项文件中确定的项目建设内容和应实现目标进行对照分析，分析是否达到应有效果、是否实现应有的经济、社会、环境效益。三是项目运行管理情况。审查项目完成后是否按照项目目标正常运行，项目执行单位在运行过程中是否存在管理不善和严重损失浪费问题；项目还贷情况。审计组应掌握好审计范围、方法、方式等，按照立项、建设、运营管理确定每步审计目标，对难以获得评价指标的，在征求专家意见后，进行补充修改完善，必要时可聘请有资质的相关机构对环保、民生等指标进行优化并参与审计工作。
四、审计评价
绩效审计评价的标准是以项目可行性研究报告其它立项文件中确定的项目建设内容和应实现目标为基础。审查项目完成后是否按照项目目标正常运行，项目执行单位在运行过程中是否存在管理不善和严重损失浪费等问题进行对照分析，评价项目是否达到应有效果，评价项目是否实现应有的经济、社会、环境效益，评价项目是否具有可持续发展能力。因項目不同，评价指标体系也存在差异，但重点应从以下六个方面进行评价：一是对基础设施建设项目经济效益评价。主要包括项目利用效率的符合性评价，项目产生收益的符合性评价，项目建设投资符合性评价，项目运营成本符合性评价等。二是对项目社会效益进行评价。如周边经济发展情况，人民生活水平和认知变化等。三是对项目环境效益进行评价。项目规划布局和施工情况，周边环境保护情况，即项目实施以后与实施前对周边环境有无影响，项目建成的其他收效情况，项目实施以后是否有不良状况得到改善等。四是对项目安全性评价。项目建设期的事故发生率，项目运行以来的事故发生率等，综合评价项目安全性。五是对贷款偿还能力的评价。分析项目效益和还贷能力之间的关系。六是对存在问题的原因进行分析、评价。审计评价的目的是发现项目建设管理及后续运营方面存在的问题，将评价结果综合分析，揭示造成问题的原因并提出解决问题的建议才是绩效审计的最终目标。
五、审计报告
1、审计报告的撰写。基础设施建设项目绩效审计报告具有高度的综合性、时效性和建设性。绩效审计报告是审计人员宏观的对整个审计项目进行绩效评价后做出的，不是片面的，不是对项目的某个部分的审计评价，只有对整个项目全面的审计评价才是有意义的、全面的。绩效审计报告是在当时当地的条件下撰写的，如果当时的评价环境发生了变化，审计人员对项目的绩效评价指标就会变化，从而导致评价结果的失真。由于绩效审计报告的高度概括性和综合性使得报告本身有很强的建设性，通过对项目的总体评价，绩效审计报告提出有建设性的意见或建议，以便报告使用者做出及时有效的反映，使得利用外资基础设施建设项目效果更加显著。
2、审计报告的利用。基础设施建设项目绩效审计报告使用的主体主要是项目主管单位或相关单位，这些部门或单位肩负着项目决策、项目实施、项目建设、项目管理的重任，所以他们更加关心项目的效益，绩效审计报告就很好地帮助他们实现了对项目效益的掌握，如何更好地发挥绩效审计报告的作用也就成为这些部门的一个重要问题。首先，相关部门或单位要站在宏观的角度看待绩效审计报告，充分利用报告中提出的审计建议，科学地分析评价审计建议的合理性和可操作性，根据审计建议制定操作方案。其次，相关部门或单位利用绩效审计报告一定要及时，尽快使审计成果转化为项目的经济效益，如果审计评价环境发生了变化，绩效审计报告中的审计建议就会失去其效果。