一、总公司直接管理的项目部
1、项目部不是分公司，只是建筑业企业一个内部生产单元，它不需要办理工商和税务登记。因此，这种模式下，项目部不具备税法上的独立性，发票是由总公司对业主开具，收入（包括会计收入和企业所得税收入，下同）是由总公司确认。
2、根据税总发〔2017〕103号的规定，跨省级行政区施工的，需要向总公司机构所在地税务机关填报《跨区域涉税事项报告表》，省内跨县（市、区）的，是否需要填报，由各省税务机关自行确定。
3、增值税方面，涉及以下几个问题：
一是，由总公司向业主开具发票，项目部取得的专票，抬头和税号也是总公司的，进项和销项由总公司进行综合抵扣和汇总申报。
二是，如果项目存在预收款，根据财税〔2017〕58号的规定，收到预收款时，应当按照规定预缴增值税及其附加。
预缴的地点分为两种情形：项目所在地与总公司机构所在地跨县但在同一地级行政区的（以下简称同区项目），向总公司所在地税务机关预缴；跨地级行政区的（以下简称跨区项目），向项目所在地税务机关预缴。
预缴计算
（一）计算公式
1、一般计税
应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+9%)×2%
2、简易计税
应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+3%)×3%
建筑业的简易计税项目包括应当适用简易计税和可选择适用简易计税两类：应当适用简易计税包括：
（1）小规模纳税人提供建筑服务；
（2）建筑工程总承包单位为房屋建筑的地基与基础、主体结构提供工程服务，建设单位自行采购全部或部分钢材、混凝土、砌体材料、预制构件的，适用简易计税方法计税。
可选择适用简易计税包括：
（1）以清包工方式提供的建筑服务；
（2）为甲供工程提供的建筑服务；
（3）为建筑工程老项目提供的建筑服务，建筑工程老项目，是指：a.《建筑工程施工许可证》注明的合同开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目；b.未取得《建筑工程施工许可证》的，建筑工程承包合同注明的开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目。
（4）销售自产或外购机器设备（含电梯）的同时提供安装服务，已经分别核算机器设备和安装服务的销售额的，对于安装服务可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税。
（5）纳税人销售活动板房、机器设备、钢结构件等自产货物的同时提供建筑、安装服务，不属于《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文件印发）第四十条规定的混合销售，应分别核算货物和建筑服务的销售额，分别适用不同的税率或者征收率。
三是，纳税义务发生时，同区项目不预缴，次月申报期由总公司纳税申报；跨区项目需要先预缴，次月总公司纳税申报时凭完税凭证抵减应纳税额。
收到预收款时进行预缴：次月申报期前。
凡在预缴地实现的月销售额未超过10万元的（季度销售额未超过30万元的），当期无需预缴税款。适用增值税差额征税政策的小规模纳税人，以差额后的销售额确定。
纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，在向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款时，需填报《增值税预缴税款表》，并出示以下资料：与发包方签订的建筑合同复印件（加盖纳税人公章）、与分包方签订的分包合同复印件（加盖纳税人公章）、从分包方取得的发票复印件（加盖纳税人公章）。
依据：《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第53号）
4、企业所得税的处理，根据总局公告2012年第52号以及国税函〔2010〕156号的规定，分为两种情况：
一是，项目所在地与总公司机构所在地跨省级行政区的，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总公司向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
实务中，一般是在预缴增值税时，一并预缴企业所得税。
二是，项目所在地与总公司机构所在地在同一省级行政区的，是否需要在项目所在地预缴企业所得税，由各省级国地税联合制定管理办法。
也就是说，存在就地预缴企业所得税和不就地预缴企业所得税的两种可能性。
建筑业企业汇算清缴时，先算出总公司本年的应纳所得税额，再凭完税证明扣除项目部已按0.2%预缴的企业所得税，差额在总公司主管税务机关缴纳。
二、分公司直接管理的项目部
目前建筑业企业异地成立分公司可以分成两种情况，一是为了管理的需要，自行设立的，以做大做强区域市场为目的的实体化分公司，二是应当地政府的要求，为了投标或者保证税源留在当地，而被迫设立的分公司，这种分公司项目结束以后很难注销，就变成了空壳公司，徒增管理成本。
无论企业如何定位分公司，税收政策对其规定都是一致的，也就是说，只要你成立了跨地区的分公司，而且直接管理工程项目，就需要分摊企业所得税款。
1、建筑业企业跨省级行政区设立的分公司，属于57号公告所称的「二级分支机构」，除设立当年外，一般均需要纳入汇总纳税的范围。
案例：昆仑建设公司注册地在北京市，其下属的三个分公司分别位于郑州市、大连市、深圳市，成立时间分别为2012年，2014年，2020年。2020年度所得税汇算清缴时，郑州分公司和大连分公司需要纳入汇总范围，深圳分公司无需汇总纳税。
道理很简单，因为分摊所得税的依据是各分支机构上年度的资产总额、营业收入和职工薪酬等三因素，深圳分公司成立于2020年，2019年还没有数据，就没法儿分摊，只有等到2021年度再纳入汇总范围。
2、根据国税函〔2010〕156号的规定，建筑企业所属二级或二级以下分公司直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照57号公告规定的办法预缴企业所得税。
案例：（北京）昆仑建设公司郑州分公司直接管理郑州市区的3个项目部，另行成立商丘分公司管理商丘市区的1个项目部，这种情况下，这4个项目部都不需要按照经营收入的0.2%就地缴纳企业所得税。
3、如果总公司既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区的二级分支机构，应先扣除项目部已预缴的企业所得税，再按照57号公告的规定计算总分公司各自应缴纳的税款。
案例： （北京）昆仑建设公司除郑州和大连两个分公司以外，在成都市还有一个总公司直接管理的项目部，2020年度在成都预缴企业所得税30万元，昆仑建设公司全年应纳税额为200万元，总分公司季度已预缴100万元，那么汇算清缴参与分摊的应纳税额（A109000第11行）为：200-30-100=70万元。
其中的35万元（70×50%）在北京总机构补缴，另外35万元根据三因素计算分摊，分别在两个分公司郑州和大连补缴。
4、增值税的处理就比较简单，分公司直接管理的项目部，它的机构就是分公司，发票应由分公司向业主开具，不属于跨地级行政区提供建筑服务，除预收款需要预缴增值税外，发生纳税义务时，直接由分公司进行纳税申报。
三、项目部由谁管理更好：总公司还是分公司？其实，各有利弊吧
直属于总公司的项目部，跨省施工的需要预缴企业所得税，跨地级行政区施工的需要预缴增值税；直属于分公司的项目部，通过分公司预缴企业所得税，除预收款外，无需在当地预缴增值税。
（一）如果当地政府没有要求一定要成立分公司，建筑业企业以项目部形式施工最佳，但要注意做好跨区域涉税事项报验手续，建议在成立项目部时，由总公司下发文件中标明「XXX项目部为总公司直属项目」字样。
（二）如果当地政府一定要成立分公司，且由分公司向业主开具发票，建筑业企业要注意：
一是，要按照总局公告2017年第11号的规定，总公司、分公司、业主签订三方协议，或者由总公司出具内部授权书，注明由分公司向业主提供建筑服务，办理结算，开具发票。这样就无需在当地预缴增值税。
二是，成立项目部时，总公司下发文件中标明「XXX项目部由XX分公司直接管理」，这样就无需按照0.2%在当地预缴企业所得税。