房地产开发企业到底如何选择预缴土地增值税的计税依据我们先看下面案例：
案例：
我公司是一家房地产开发企业，一般纳税人适用于一般计税方法。今年年初开始开发商品房项目，现在正处于预售阶段，6月份销售普通住宅收到预收房款1090万元，根据当地税务局规定，土地增值税预征率为1%。请问：我公司在收到预收款预缴土地增值税时，到底是以不含增值税收入还是以预收款减去预缴增值税的余额作为计税依据呢?哪个计税方法对我公司更为有利？
这家房地产开发企业为什么会出现选择困难症呢，是因为国家税务总局在2016年先后出台了两个计税口径不一致的政策，并且都现行有效。下面我们通过两个政策文件的具体规定及案例分析得出结论。
一、政策文件
(一)《财政部 国家税务总局关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》(财税[2016]43号):“土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。
(二)《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告[2016]70号):
“一、关于营改增后土地增值税应税收入确认问题:营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额;适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。
为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据:
土地增值税预征的计征依据=预收款应预缴增值税税款。
二、案例分析
根据上述两个政策得知，房地产开发企业在一般计税方法下收到预收款时，预缴土地增值税的计税方法如下：
方法一：预缴土地增值税=不含增值税收入*土地增值税预征率
=预收款/(1+9%)*土地增值税预征率
=1090/(1+9%)*1%=10万元
方法二：预缴土地增值税=(预收款-应预缴增值税税款)*土地增值税预征率=(1090-30)*1%=10.6万元
其中：预缴增值税=预收款/(1+9%)*3%=1090/(1+9%)*3%=30万元
方法二比方法一多预缴土地增值税=10.6-10=0.6万元
三、结论
根据上述案例分析结果来看，方法二正如国家税务总局公告[2016]70号规定：“为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算”，但是预缴的土地增值税反而比正常计算的方法一要多缴纳0.6万元。房地产开发企业还是选择以不含增值税收入作为预缴土地增值税的计税依据更为有利。
实务中，在个别省份或地区，出现了当地税务局强制要求房地产开发企业按照简化后的计税依据预缴土地增值税，个人认为这样的做法欠妥当。既然国家税务总局出台的这两个税收政策文件至今都有效，那么企业就有权利选择适用对自己更为有利的计税依据。