分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
公司法第十四条规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。
分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
由此可见，总分公司虽然营业执照不同，但在法律上属于同一个法人主体，由此就决定了总分公司增值税方面是两个纳税人，企业所得税方面是一个纳税人。
公司
同样的道理，如果一个总公司下设了很多分公司，各个分公司也都属于独立的增值税纳税人。
一个比较现实的问题是，总分公司之间发生应税行为是否需要确认增值税呢？答案是，除个别情况外（如两个分公司都在同一县（市），它们之间相互移送货物用于销售，无需视同销售） ，均需作销售或视同销售处理，一个做销项，一个做进项。
比如，总公司向分公司提供了人员、管理等服务，分公司向其按年或者按照产值比例缴纳管理费，这显然就属于总公司在向分公司提供企业管理服务，应由总公司向分公司开具增值税发票，分公司可以抵扣进项。
这一点就与没有办理工商登记的建筑企业项目部之间的关系截然不同，同一个增值税纳税人下的A项目部将剩余的钢材，转让给B项目部，尽管在会计和结算上需要进行处理，以明确权责利，但由于销售并未实现，故无需做增值税处理。
公司
总公司本部的应纳税所得额与所有分公司的应纳税所得额合并计算，得出公司整体的应纳税所得额，据以交税。在实务操作中，根据现行会计制度的规定，总分公司的利润表需要汇总，如有内部交易还需要抵消，这样，以公司整体的利润总额为基础，通过纳税调整，就可以实现总分公司应纳税所得额的汇总。
显然，允许总分公司汇总纳税，可以平衡总分公司之间的盈亏，对企业是一件好事。但需要注意的是，根据现行所得税政策的规定，境外分公司如有亏损，是不能抵减境内盈利的。
总分公司应当汇总纳税，说的是应纳税所得额和应纳税额应当汇总计算，但在实际缴纳税款时，对于总分公司跨省级行政区的，根据国家税务总局公告2012年57号公告的规定，还需要在预缴和汇缴两个环节，按照三因素法分配税款，由总分公司分别进行纳税申报。
但在实务操作中，有些跨省的分公司，是在分公司当地独立缴纳企业所得税的，出现这种情况可能有两个原因：
一是，总分公司未办理企业所得税汇总纳税纳税信息报告，因此总分公司在税务系统内未被标注为汇总纳税身份，具体办理方法请参见《纳税服务规范3.0》之「1.5.10—033 企业所得税汇总纳税信息报告」。
二是，根据2012年57号公告第二十四条的规定，以总公司名义进行生产经营的分公司，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
思考一个问题，如果分公司是独立的企业所得税纳税人，它能够单独适用小型微利企业所得税优惠条件吗？