企业所得税税前扣除应以企业发生的支出是否真实、合法作为判断依据，不应将发票作为税前扣除的唯一凭证。下面的判决案件恰好说明了这一问题。
基本案情：
A公司向外地企业购进一批皮革，与供货商签订供货合同后，通过银行转账支付货款共计208万元（含税），先后取得供货商提供的增值税专用发票22份，并通过国税系统认证申报抵扣增值税30.2万元。而后，供货商所在地国税部门发出的《已证实虚开通知单》证实，上述22份发票均属虚开（小编补充：A公司能赢，签订购销合同、银行转账支付很关键）。
税务机关认定上述22份发票属不符合规定的发票，是不合法的凭证，于是作出A公司进项税额30.2万元不予抵扣，税款予以追缴的决定；并依法下达《税务处理决定书》，已在税前扣除的177.8万元成本，调增应纳税所得额，追缴企业所得税44.5万元（适用税率25%）并加收税款滞纳金。
A公司认为，发票是证明支出的重要凭证，但不是唯一凭证；公司虽善意取得虚开发票，但发票已通过税务部门论证属真票，购进皮革业务真实，购货合同、转账凭证和皮革出入库手续齐全，且成本结转无误（（小编补充：这些也是A公司能赢的关键，所以，财务人员日常的工作需要做细致！），税务机关要求企业补缴企业所得税44.5万元的处理决定，有悖于企业所得税法第八条的规定，即企业实际发生的与取得收入有关的合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。A公司在提请税务行政复议无果后，遂向所在地法院提起行政诉讼。
法院裁定：
该法院审理后认为，国税发〔2008〕88号文件、《税收征管法》第二十一条及《发票管理办法》第二十二条，只是否定了违规发票作为合法凭据的效力，并没有排除用其他合法有效的证据来证明“可税前扣除”的事实，被告将发票视作税前扣除的“唯一凭证”显然不妥；根据国税函〔2007〕1240号规定，“纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。”被告人对原告认定为善意取得发票，已证实“购货方与销售方存在真实交易”，而且该规定只是对不得抵扣增值税进行了明确，并未规定纳税人购进货物成本不能在企业所得税税前扣除。原告提供的材料均证明已将购进货物用于产品生产，显然符合企业所得税法第八条“准予在计算应纳税所得额时扣除”情形。同时，被告在查处原告善意取得虚开发票过程中，没有对原告当期取得产品销售收入有关的合理支出进行认定，存在事实不清。综上所述，被告调增原告企业所得税额，并要求补缴企业所得税、加收滞纳金处理决定，认定事实不清、法律依据不足，不予支持。该法院依照行政诉讼法第五十四条第（二）项之规定，判决撤销被告《税务处理决定书》中关于调增原告的企业所得税额，补缴企业所得税、加收滞纳金的处理决定。
案例启示：
本案税务机关败诉原因可归集为三方面：一是将发票视为企业所得税前扣除的唯一凭证；二是在查处取得虚开发票案件时，对当事人购进货物是否用于本企业产品生产没有充分举证；三是片面理解，引用规范性文件不当。
以上内容来源于中国税务报，以下内容为小编补充：
一、善意取得虚开发票能否税前扣除，补充新政：
根据国家税务总局公告2018年第28号第十三条规定：企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。
第十四条规定：企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
（二）相关业务活动的合同或者协议；
（三）采用非现金方式支付的付款凭证；
（四）货物运输的证明资料；
（五）货物入库、出库内部凭证；
（六）企业会计核算记录以及其他资料。
前款第一项至第三项为必备资料。遇到善意取得虚开发票的情形，建议企业提供真实合法的合同、支付单据等和主管税局沟通。
二、如何界定善意取得增值税专用发票？
在《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）文件中，国税总局界定了善意取得的四个标准：
第一，购货方与销售方存在真实的交易；这个当然是善意取得的前提和最重要基础，如果交易都是虚构的，肯定是有问题。
第二，销售方使用的是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的专用发票。
第三，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；如果这些环节有问题，意味着双方可能是串通一气，购货方必须承担相应责任。
第四，没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的；善意恶意首先是看有没有主观故意，除非有证据，否则不能直接认定为恶意取得。
如果同时满足上述四个条件，则认定为购买方善意取得增值税专用发票，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。也就是说不做税法规定的相关处罚。
三、善意取得虚开增值税专用发票是否需要做进项税额转出？是否需要缴纳滞纳金？
根据《国家税务总局关于纳税人虚开增值税专用发票征补税款问题的公告》（国家税务总局公告2012年第33号）规定，纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]1240号）规定：根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。
纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。
因此，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款，无需缴纳滞纳金。