营业税下，税金计算较为简单，且直接在项目地代开发票完税，营改增以后，挂靠双方经常为增值税的计算发生争议，今天何博士就从税法的基本原理谈一谈这个问题。由于简易计税比较简单，本文只讨论一般计税情形，此外，探讨挂靠的税务处理，并非提倡挂靠。
1、项目应纳税额=销项税额-进项税额，在工程造价确定之后，销项税额是定数，金额上等于含税造价÷（1+9%）×9%，进项税额是变数，金额上等于项目实际发生的成本中可以抵扣的进项税额。
2、涉及到预缴增值税的，按照总分包差÷1.09×2%预缴并取得完税凭证，被挂靠企业（下称公司总部）在机构地在申报纳税时，项目应补税额=项目销项税额-项目进项税额-项目预缴税款。
3、具体资金支付流程，当公司总部某月向业主开具发票或收取工程款从而发生纳税义务时：
（1）由实际施工人在项目地预缴税款，取得完税凭证并交给公司总部；
（2）公司总部以项目销项扣除项目进项税额和预缴税款，计算出项目本月应补税额；
（3）公司总部在本月收取的工程款中将应补税额扣下，余额属于实际施工人可支配的资金。
4、在实际操作中，由于建筑企业一般纳税人的纳税期限均为按月，因此，上述计算期间也是以月为周期，那么问题来了，这月销项多，进项少，扣实际施工人的税钱扣的多，下月进项来了，销项不足甚至销项没了，这个进项税钱要返还给实际施工人吗？
5、答案是肯定的，尽管增值税的纳税期间是以月为单位，但是公司的经营是持续的，某月销项大于进项，公司总部本月向税务机关有可能多交税（只是有可能，原因见下文），「暂扣」税款无可厚非，可下月进项来了，大于销项了，公司总部总体上少向税务机关交税了，自然就应当把以前「暂扣」的税金予以返还。
6、这种观点的依据是增值税的基本原理，增值税是以公司整体作为纳税人，合作挂靠项目只是公司业务的一部分，所有项目的销项和进项，所有项目的预缴税款，均可综合抵扣和综合抵减，其余额共同构成了公司向税务机关缴纳的应纳税额，与税务机关发生纳税关系的是作为纳税人的公司，而非项目，项目的应纳税额只是内部管理和内部核算的结果。
7、举个简单的例子，某公司下属两个项目，A项目某月销进项之差为+10万元，B项目同月销进项之差为-6万元，假定公司无其他涉税业务，该公司本月应纳税额就是10-6=4万元，正确的做法是暂扣A项目10万元税款，「返还」B项目6万元税款，当然这个「返还」并非是真金白银，而是在计算可支配资金时，在资金管理台账里进行返还。
8、因此，被挂靠企业应当认识到，项目过程中的税金只是暂时性的结果，某月项目销项大于进项，据实暂扣税金，以后月份，符合条件的进项来了以后，应当据实返还，项目最终竣工结算，尾款收齐之后，合作双方再对项目的总体税额进行清算。
当然，如果被挂靠企业进项税额持续性留抵，预缴税款亦有余额，这种情况应由双方友好协商并采取适当措施。
9、极个别被挂靠企业，采取的方法是，项目这月有销项，这月就必须有进项，没有进项或者进项不足，全额扣下税金，这个扣不是「暂扣」，是真扣，以后等进项来了，也不给作数了，这样做的弊端很大：
（1）逼着实际施工人去买发票，最终涉税风险还是由被挂靠企业来承担；
（2）逼着实际施工人让业主晚付款（实际施工人和业主的关系都不错，你懂的），推迟纳税义务发生时间，导致被挂靠企业的资金流动性降低；
（3）不符合公平诚信原则，易引起诉讼，一旦打官司，大概率是被挂靠企业败诉，这种案例太多了。
施工企业都不容易，施工企业的财务更不容易，同行何必为难同行呢？