建设工程总承包合同主体是指依照合同约定对总承包工程整体或单体工程履行义务享有权利的当事人。一般总承包合同有发包人、总承包人和分包人。根据需要有的总承包合同中发包人和承包人一方为一名或两名当事人，在审计中应对涉及总承包合同当事人主体资格进行识别。
在对主体资格识别审计中，应根据各主体所承担的工程项目，对主体资格的资质等级、信誉等级、财务状况等情况进行审计。在审计中对发包人应识别的情况主要有：发包人单位名称、工程立项批准文号、工程地点、工程内容、资金来源进行审计。对总承包人和分包人应识别的情况主要有：单位名称、资质等级、注册资金、财务状况或融资等情况进行审计。
通过对总承包合同主体审计，以识别主体资格、资质的真实性、合法性和有关证件的有效性。
总承包合同标的是指当事人权利义务共同指向的东西，一般用数量表示，也有的技术性项目的合同标的还包括技术性能。由于总承包合同建设规模和投资的多变性、标的数量，就必然随着变更的协议而变更。因此，审计人员应将与合同标的相关的合同文件加以收集整理，通过鉴证、计算，予以确认。
建设工程的工期是依据工程的进度而定。但有的总承包合同由于合同中约定的和实际竣工的工期存在不一致的现象，导致其工期存在待定状态。因此，在识别工期时一般应将合同约定的工期与实际竣工工期或者是发包人对总承包人提交的竣工验收报告的逾期答复验收的时间一并考虑。根据实践针对上述情况应掌握以下几点：①当合同约定的工期与实际竣工验收一致时，应依约定时间确认工期;②当合同约定的工期与实际竣工工期不一致时，应以双方认可的变更工期确认;③ 按照合同约定当总承包人已完全履行合同，并且已向发包人提交竣工验收报告后，发包人在无正当理由或未取得总承包人同意延期验收的前提下逾期组织验收的，应按发包人逾期验收的时间确认工期。同时，在工期确认时，应将开工时间、工期变更情况及其违约责任进行关注。通过审计，明确合同标的和工期的准确性以及工程逾期后过错方违约责任的确认或处理情况。
中华人民共和国招投标法，第三条规定对以下三种工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：一是大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目;二是全部或者是部分使用国有资金或者国家融资投资的项目;三是使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目。或者法律、国务院对必须进行招标的其他项目和根据审计署《关于内部审计工作的规定》中 “对本单位内部控制制度的健全性和有效性及风险管理进行评审”等规定。凡是符合以上规定的建设工程项目设的设备材料应进行风险管理审计。审计的内容主要有：投标单位、投标时间、设备名称、规格型号、单价、数量、金额等进行审计。
鉴于有的总承包合同，涉及外购设备、材料，因此对供货单位、外购设备名称、规格、数量、单价、金额、交货地点、验收时间，以及其违约责任等情况应进行审计。
通过审计对上述设备材料的招投标的真实性、合法性予以识别，对数量计算的准确性予以审核。
承揽加工工作成果包括项目设计及技术资料之内容。因为有的总承包合同中某些设备、材料为非标准的，它需要总承包人(定作人或分包人)按合同约定进行设计并提供技术资料。承揽人按照定作人要求完成工作，交付工作成果，总承包人(定作人)给付报酬。在对定作人审计时，主要应对其提供设计文件名称，提供设计文件时间，提供材料名称、规格、单价、金额、合同约定价，调整价、确认价、验收时间、违约金比例、违约金数额等情况进行审计。对承揽人审计时，应对其接受设计文件及技术资料发现定作人不合理要求通知时间及内容，催告定作人协助履行事项的内容及时间、提交成果时间、提交成果质量、或者是定作人逾期提货、承揽人依法对留置成果名称、留置成果的价值或者承揽人保管成果材料不善应赔偿的数额，以及解除合同的时间等情况进行审计。
除以上情况审计外，还应对承揽人名称、资质和承揽的设备名称、规格、数量、质量、单价、金额、交货地点、验收时间、违约责任以及项目报酬收付情况进行审计。此项重点是注重对当事人履约情况和承揽加工工作成果的真实性和合法性进行识别性审计。
工程竣工验收是指发包人(建设单位)和总承包人(分包人)依照合同约定或者法律规定对整体工程或者单体工程进行验收并交付工程的一项活动。中华人民共和国合同法第279号条规定“建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。”“未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。”一般总承包合同对此项都有明确的约定。对某些特定的房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收有关部门还有验收备案的规定。例如：建设部2000年4月7日发布的《房屋建筑工程和市政基础设施工程竣工验收备案管理暂行办法》中规定，建设单位应当自工程竣工验收合格之日起15日内，向工程所在地的县以上地方人民政府建设行政部门备案，对逾期或者建设单位将备案机关决定重新组织竣工验收的工程，在重新组织竣工验收前擅自使用的备案机关责令停止使用，处工程合同价2%以上4%以下罚款。因此，对此项审计应十分关注。
根据审计实践，有的总承包工程对竣工验收有明确的约定。有的还约定总承包人在其所承包的工程完工时，依照合同约定应向发包人(建设方)提交竣工验收报告和有关文件、资料。还有的总承包人对发包人(建设方)收到其提交的验收报告明确在一定时间内应组织验收，逾期不组织验收的，或未经验收而擅自使用的即视为已竣工验收的约定，这种情况在总承包合同中多见。所以在对总承包工程验收方面审计中应对项目名称、竣工时间、已验收、未验收、验收标准和项目保修情况进行识别性审计。
对有违反上述规定或合同约定的行为，审计人员在审计报告中应予提示或披露，以引起企业管理者重视或纠正，避免风险。
总承包工程质量，是指发包人对总承包人或者承包人对分包人依照合同约定对工程交付人所承担的工程质量，按照标准进行的工程质量检验活动。检验标准可分为国家规定的标准、行业标准和合同约定的标准。对质量检验标准，应从以下三方面情况进行掌握：一是有约定标准的从约定。二是无约定标准的，按国家规定的标准。三是无国家标准的，按行业标准。审计人员在进行工程质量审计时，应对项目名称、检验标准文号或检验依据和质量认定情况以及不合格原因等主要情况进行审查。
总承包合同工程款收支审计，就是审计人员对承包合同当事人收支工程款的核实活动。工程价款一般包括：① 建设工程土建项目的设计费、材料费、施工人员费用。② 设备费、安装调试费;③ 承包人的管理费，即总承包人进行建设工程管理、发包人给付的价款。此项费用如总承包合同中双方有约定的，就应将此费用计算在内。④质量保证金，是指发包人将从总承包人一定比例的工程款中暂留的价款，根据总承包人承包的工程质量按合同约定、届时再付给总承包人。也有的总承包人按照合同约定在合同生效时向发包人付一定数量款项作为质量保证金，待全部履行完合同义务后，发包人再予退回的款项。但由于有的工程价款构成不同，审计人员应据实核算。
在工程价款确认之后，应将总承包人收到发包人或总承包人支付分包人的工程价款逐笔进行核算。同时还应对收付各方的票据进行鉴证。这是因为有的建设工程缓建、停建之原因，致使工程未进行结算，或者有的工程款支付存在着一方先付款后收发票，或者一方先出具发票后收款，或者一方暂以收据作为收款凭证待工程完工结算完毕，收到全部工程款后再出具发票等原因，造成票据短缺或无效凭证现象，影响再建工程及时转入固定资产。故审计人员对票据审核也不可忽视。具体对工程款收付情况审计，应从支付方和收款方、单位名称、数额、日期、方式、逾期支付时间和数额，以及票据种类等情况进行审查。
总承包合同纠纷处理情况进行审计，是指建设工程当事人对履行合同中的权利、义务产生的异议。总承包合同往往涉及到发包人、总承包人、分包人、供货人等多个主体法律法律，加之一方或诸方主客观原因，致使过错方违反总承包合同事项约定，使相对方遭受经济损失。守约方依法或依约向过错方提出承担民事赔偿责任的主张而未获得赔偿，或双方争议事项处理结果处于待定状态。这些纠纷解决的方式一般有三种，一是当事人通过协商解决。二是依据总承包合同中仲裁条款或双方当事人达成的仲裁协议当事人申请仲裁机构仲裁。三是一方依法向人民法院起诉。这些方式在处理总承包合同纠纷中是多见的。因此，在审计中，审计人员应对当事人已处理或者将要申请仲裁起诉的合同纠纷情况进行关注，因为这些纠纷的支付款项，不仅涉及到合同的标的和工程款的数量，也关系到当事人的风险管理。因此，对总承包合同纠纷处理情况审计也是不可忽视的内容。
总承包合同管理内控制度审计是指审计人员对企业在履行总承包合同中，对影响组织目标实现存在或潜在存在予以接受，或者想办法采取措施，消除减少或转移各种不确定因素，而形成的风险管理规范完整性和有效性的评价活动。由于风险管理工程项目多样性、主体多体性、风险分担不等性和风险发生突然性以及动态管理之原因，风险管理内控制度的形成就分为成文或不成文两种。因此审计人员在对风险内控制度审计中，在注重对成文制度收集检查的同时，也不可忽视实际工作中形成的不成文的制度。在对风险管理的效果评价时，应从内控制度建立环节的完整性、执行环节的及时性和监督环节的有效性上去考察、分析。对风险管理的效果作出客观、真实、公正的评价。
在取得上述风险管理内控制度的各种信息和评价的基础上，审计人员应根据风险管理存在或潜在的不同阶段或合同履行过程，运用书面或口头形式向单位管理者(部门)出示风险监控和预警建议报告，使管理者及时采取控制风险的措施，减少损失，防止风险扩大。
综上所述，总承包合同中存在着诸多不确定因素，且有的总承包合同当事人已付出了民事责任赔偿的代价。或者有的因触及刑法追究了刑事责任。为了提高总承包工程当事人的风险管理能力，目前，建设工程总承包合同已成为总承包合同当事人不可忽视的风险管理关注点。本文所探索的建设工程总承包合同风险管理审计之内容，可根据总承包合同当事人的具体情况进行采用，也可选用。通过按照上述内容进行总承包合同风险管理审计，有利于当事人明白履约情况，分清责任，并针对薄弱环节或过错采取措施，减少损失。有利于受损失的当事人维护合法权益。从而，减少和避免总承包合同当事人的经营管理风险和提高预险、防险、避险的工程总承包风险管理能力。