今天先谈建筑企业直接管理的项目部，即公司总部直属项目部的财税处理。
1、根据国税函〔2010〕156号的规定，跨省（自治区、直辖市和计划单列市）经营的建筑企业应按实际经营收入的0.2%在项目所在地预缴企业所得税，目前从实务看，一般是随增值税一起预缴，绝大多数地区是全额预缴，少数地区允许扣除分包款之后差额预缴。正确的做法应当是全额，因为文件说的是按照「实际经营收入」，这是一个全额概念。
需要注意的是，差额预缴和全额预缴，对自营项目而言是无所谓的，无非是预缴少了，补缴多了，但对挂靠项目结果就有所不同。
2、项目预缴的企业所得税税款，计入「应交税费—应交企业所得税」科目借方，并按项目作辅助核算。已预缴的企业所得税税款，公司总部在季度预缴和年度汇缴时，查账征收的企业和核定征收的企业均可据实抵减。
3、具体抵减时，查账征收的企业填报A200000第14行和A100000第32行，核定征收的企业填报B100000第18行，根据实际抵减的金额，借记「所得税费用」等科目，贷记「应交税费—应交企业所得税」科目。
4、根据国税函〔2010〕156号的规定，建筑企业公司总部在办理企业所得税预缴和汇缴时，应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明。
5、公司总部在汇算清缴时，如果发现全年应纳税额小于直属项目部已预缴税款，根据国税函〔2010〕156号的规定，应由公司总部所在地主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。
也就是说，外地预缴的税款，如果多预缴了抵不完，是在公司总部税务机关申请退税或者抵扣以后年度税款，我估计你能退回来税的可能性很小，留着抵吧，这个是没有期限的。
6、以上所述知识点，仅针对：
（1）公司总部直接管理的项目部，如果是分公司管理的项目部，不适用上述规则。根据国税函〔2010〕156号的规定，建筑企业应当及时办理跨区域涉税事项证明，且向项目地主管税务机关出具本项目属于公司总部直接管理的项目部的证明文件；
（2）跨省级行政区经营的项目部，如果是在同一个省级行政区内跨县市区施工，是否需要按照0.2%预缴企业所得税，由本省税务机关自行确定。