自2020年2月1日起，列入异常增值税扣税凭证（以下简称“异常凭证”）范围的增值税专用发票类型将发生重大变化，对纳税人所提异议的处理方法也有改变。具体来说，列入异常凭证范围的增值税专用发票将分为两大类。
一、符合下列情形之一的增值税专用发票列入异常凭证范围
（一）纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票；
（二）非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票；
（三）增值税发票管理系统稽核比对发现“比对不符”“缺联”“作废”的增值税专用发票；
（四）经税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的；
（五）走逃（失联）企业存续经营期间发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票：
1.商贸企业购进、销售货物名称严重背离的；生产企业无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。
2.直接走逃失踪不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。
注1：走逃（失联）企业，是指不履行税收义务并脱离税务机关监管的企业。据税务登记管理有关规定，税务机关通过实地调查、电话查询、涉税事项办理核查以及其他征管手段，仍对企业和企业相关人员查无下落的，或虽然可以联系到企业代理记账、报税人员等，但其并不知情也不能联系到企业实际控制人的，可以判定该企业为走逃（失联）企业。
二、增值税一般纳税人申报抵扣异常凭证且同时符合下列情形的，其对应开具的增值税专用发票列入异常凭证范围
（一）异常凭证进项税额累计占同期全部增值税专用发票进项税额70%（含）以上的；
（二）异常凭证进项税额累计超过5万元的。
纳税人尚未申报抵扣、尚未申报出口退税或已作进项税额转出的异常凭证，其涉及的进项税额不计入异常凭证进项税额的计算。
增值税一般纳税人如果不慎取得了被列入异常凭证范围的增值税专用发票，处理方式是：
（一）增值税事项的处理：
1. 尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。
2. 已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。
3. 尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，除另有规定外，暂不允许办理出口退税。适用增值税免抵退税办法的纳税人已经办理出口退税的，应根据列入异常凭证范围的增值税专用发票上注明的增值税额作进项税额转出处理；适用增值税免退税办法的纳税人已经办理出口退税的，税务机关应按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。
（二）消费税事项的处理：
消费税纳税人以外购或委托加工收回的已税消费品为原料连续生产应税消费品，尚未申报扣除原料已纳消费税税款的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣的，冲减当期允许抵扣的消费税税款，当期不足冲减的应当补缴税款。
（三）纳税人与税务局双方对异常凭证的异议处理：
1. 纳税信用A级纳税人取得的增值税专用发票已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税，被认定为异常凭证的，可以自接到税务机关通知之日起10个工作日内，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，可不作进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。如逾期未提出核实申请的，应于期满后按照上述“增值税事项”“消费税事项”的规定作相关处理。
2. 其他纳税人（纳税信用A级以外的纳税人）对税务机关认定的异常凭证存有异议的，应先按上述“增值税事项”“消费税事项”的规定进行相应处理。然后可以向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税；符合消费税抵扣规定且已缴纳消费税税款的，纳税人可继续申报抵扣消费税税款。
3. 经税务机关核实，纳税人取得的异常凭证不符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，应分别作如下处理：
（1）增值税纳税人取得的异常凭证不符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税的：
①未申报抵扣增值税进项税额的，不允许抵扣；
②已经申报抵扣增值税进项税额的，须作进项税额转出；
③尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，不允许办理出口退税；
④适用增值税免抵退税办法的纳税人已经办理出口退税的，须作进项税额转出；
⑤适用增值税免退税办法的纳税人已经办理出口退税的，须追回已退税款。
（2）消费税纳税人以外购或委托加工收回的已税消费品为原料连续生产应税消费品，不符合现行消费税抵扣相关规定的：
①尚未申报扣除原料已纳消费税税款的，不允许抵扣；
②已经申报抵扣的，须冲减当期允许抵扣的消费税税款，当期不足冲减的应当补缴税款。
注2：经税务总局、省税务局大数据分析发现存在涉税风险的纳税人，不得离线开具发票，其开票人员在使用开票软件时，应当按照税务机关指定的方式进行人员身份信息实名验证。
注3：新办理增值税一般纳税人登记的纳税人，自首次开票之日起3个月内不得离线开具发票，按照有关规定不使用网络办税或不具备风险条件的特定纳税人除外。
新规背景介绍：近年来，少数不法分子利用办税便利化措施，注册没有实际经营业务、只为虚开发票的“假企业”骗领增值税专用发票，并在实施违法虚开行为后快速走逃（失联），恶意逃避税收监管，既严重扰乱了税收秩序，也极大损害了守法经营纳税人的权益。为推进税收治理体系和治理能力现代化，健全税收监管体系，进一步遏制虚开发票行为，维护税收秩序，优化营商环境，保护纳税人合法权益，自2020年2月1日开始，税务机关对异常增值税扣税凭证的认定及管理等均发生了新的变化。
建议广大纳税人和税务人员与时俱进，知晓、熟悉、运用好新规，从而防范税收风险。