一、什么是分公司的独立核算与非独立核算？
独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。独立核算单位在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
非独立核算又称报帐制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。非独立核算通常没有银行账户，不单独设置账套，不设置会计部门和人员。从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。
独立核算和非独立核算说的是企业会计核算的两种组织方式。独立核算和非独立核算是会计工作组织的概念，完全取决于企业的会计管理模式，对某一内设会计主体，既可以独立核算也可以非独立核算，在异地成立的分公司，属于税法中的分支机构，选择何种核算模式完全取决于公司的管理需要，现行财税政策并无强制性规定。
二、独立核算的分公司，所得税汇算清缴时是否要并入总公司核算？
根据国家税务总局公告2012年第57号第二十二条规定：总机构应将其所有二级及以下分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，若无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
证明其二级及以下分支机构身份的资料包括非法人营业执照（或登记证书）的复印件、由总机构出具的二级及以下分支机构的有效证明和支持有效证明的相关材料（包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等）。
简言之，分公司是否独立申报企业所得税，需要看是不是在金三系统中维护成“汇总纳税企业情况登记”，如果没有维护过，就相当于一个独立的企业，则需要独立申报企业所得税。
特别提醒：分支机构不单独享受小型微利企业优惠政策，对于分支机构，应当并入总机构汇总缴纳企业所得税，汇总后的数据如果符合小型微利企业的条件，可以整体享受小型微利企业的优惠政策。如果分支机构不并入总机构汇总纳税，而选择按照独立纳税人单独纳税，不能享受小型微利企业的优惠政策，只能按照25%的基本税率进行纳税申报。如果企业在2019年已选择按照独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，本年度不得变更，如果要改回汇总纳税，只能等到2020年了。一定要提前测算分公司的盈亏情况，提前筹划！
三、哪些二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税？
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。（依据：国家税务总局公告2012年第57号）