针对采购设备进项税额给予退税，是现行增值税退税政策中较为特殊的一类。进项税额，是纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额，通常是凭合法有效凭证，用于一般计税方法下销项税额的抵扣。因增值税属于流转税，具有转嫁性，虽然纳税人是销售方，但实际负税人却是购买方。目前，设备退税方面的政策主要有研发机构采购国产设备退税，以及集成电路企业采购设备退税政策。
一、研发机构采购国产设备退税
为了鼓励科学研究和技术开发，促进科技进步，《财政部 商务部 税务总局关于继续执行研发机构采购设备增值税政策的公告》（财政部 商务部 税务总局公告2019年第91号，以下简称91号公告）规定，继续对内资研发机构和外资研发中心采购国产设备全额退还增值税。
（一）政策沿革
对内外资研发机构采购国产设备全额退还增值税政策，最早出现于全国范围内实施增值税转型改革的2009年。自2009年1月1日起,外购设备等固定资产纳入进项税额的抵扣范围。彼时，研发机构多属于营业税纳税人，无法实现增值税进项税额的抵扣；且设备集中采购时，增值税进项税额规模较大易造成资金占用问题。《财政部 海关总署 国家税务总局关于研发机构采购设备税收政策的通知》（财税〔2009〕115号）规定，对科学研究机构、学校以及外资研发中心采购国产设备，全额退还增值税，执行期限为2009年7月1日至2010年12月31日。《国家税务总局关于印发<研发机构采购国产设备退税管理办法>的通知》（国税发〔2010〕9号）出台了相应退税管理办法。
《财政部 商务部 海关总署 国家税务总局关于继续执行研发机构采购设备税收政策的通知》（财税〔2011〕88号）规定，自2011年1月1日至2015年12月31日，继续对内资研发机构和外资研发中心采购国产设备全额退还增值税。《国家税务总局关于印发<研发机构采购国产设备退税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2011年第73号，以下简称73号公告）于2011年12月14日出台，与2010版退税管理办法相比，主要存在三点区别。一是，强调研发机构应自购买国产设备取得的增值税专用发票开具之日起规定时限内申请退税，逾期不得申报。二是，因73号公告出台时间迟于执行起始时间，公告规定对该办法下发前，研发机构已取得的增值税专用发票，准予在2012年4月30日前申报退税，主管退税税务机关按办法相关规定办理退税。三是，符合规定的增值税普通发票也可作为退税凭证。研发机构已取得的纳入增值税防伪税控系统的增值税普通发票，准予在2012年4月30日前申报退税，主管退税税务机关在函调确认增值税普通发票真实、发票所列设备已按照规定申报纳税后，办理退税。
《财政部 商务部 国家税务总局关于继续执行研发机构采购设备增值税政策的通知》（财税〔2016〕121号）规定，自2016年1月1日至2018年12月31日，继续对内资研发机构和外资研发中心采购国产设备全额退还增值税。《国家税务总局关于发布<研发机构采购国产设备增值税退税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2017年第5号）在73号公告的基础上，进行了修改完善，主要有三方面变化。一是，将原研发机构采购国产设备退税认定、变更、注销内容，依据现行出口退税管理规定，修改为备案、变更、撤回，并增加了延期申报申请的办理及核准内容。二是，增加了对外资研发中心因自身条件变化不再符合退税资格的认定条件，停止享受采购国产设备退税政策，并应及时办理撤回退税备案等内容。三是，研发机构已退税的国产设备，监管期由5年缩短为3年。
2019年11月11日出台的91号公告，延续了对内资研发机构和外资研发中心采购国产设备全额退还增值税的政策，执行期限为2019年1月1日至2020年12月31日。目前尚无相应的退税管理办法出台。
（二）退税适用主体
适用91号公告退税政策的研发机构包括内资研发机构和外资研发中心。
内资研发机构包括七类，一是科技部会同财政部、海关总署和税务总局核定的科技体制改革过程中转制为企业和进入企业的主要从事科学研究和技术开发工作的机构；以及国家重点实验室和国家工程技术研究中心。二是国家发展改革委会同财政部、海关总署和税务总局核定的国家工程研究中心；以及上述部门和科技部共同核定的企业技术中心。三是科技部核定的国务院部委、直属机构所属从事科学研究工作的各类科研院所，以及各省、自治区、直辖市、计划单列市科技主管部门核定的本级政府所属从事科学研究工作的各类科研院所。四是科技部会同民政部核定，或者各省、自治区、直辖市、计划单列市及新疆生产建设兵团科技主管部门会同同级民政部门核定的科技类民办非企业单位。五是工业和信息化部会同财政部、海关总署、税务总局核定的国家中小企业公共服务示范平台（技术类）。六是国家承认学历的实施专科及以上高等学历教育的高等学校（以教育部门户网站公布名单为准）。七是财政部会同国务院有关部门核定的其他科学研究机构、技术开发机构和学校。
外资研发中心，以2009年9月30日为设立时间分界点，分别就研发费用标准、专职研究与试验发展人数，以及设立以来累计购置的设备原值规定了最低限额。2009年9月30日及其之前设立的外资研发中心，应同时满足三个条件。一是，研发费用标准：独立法人的，投资总额不低于500万美元；非独立法人的，其研发总投入不低于500万美元；企业研发经费年支出额不低于1000万元。二是，专职研究与试验发展人员不低于90人。三是，设立以来累计购置的设备原值不低于1000万元。2009年10月1日及其之后设立的外资研发中心，应同时满足三个条件。一是，研发费用标准：独立法人的，其投资总额不低于800万美元；非独立法人的，其研发总投入不低于800万美元。二是，专职研究与试验发展人员不低于150人。三是，设立以来累计购置的设备原值不低于2000万元。在2018年12月31日（含）以前，初次取得退税资格或通过资格复审未满2年的，可继续享受至2年期满。
（三）退税设备范围
91号公告附件2《科技开发、科学研究和教学设备清单》（以下简称《设备清单》）对享受退税的“设备”进行了具体界定。符合退税条件的设备，首先强调必须是国产设备。这里的设备是指为科学研究、教学和科技开发提供必要条件的实验设备、装置和器械（不包括中试设备），且符合《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部 国家税务总局令第50号）第二十一条“固定资产”的相关规定。具体包括以下四类：一是实验环境方面，包括教学实验仪器及装置、教学示教、演示仪器及装置等；二是样品制备设备和装置，包括特种泵类（如分子泵、离子泵、真空泵、蠕动泵、蜗轮泵、干泵等）、培养设备（如培养箱、发酵罐等）等；三是实验室专用设备，包括特殊照相和摄影设备（如水下、高空、高温、低温等）；科研飞机、船舶用关键设备等；四是计算机工作站，中型、大型计算机。
在计算外资研发中心累计购置的设备原值时，应将进口设备和采购国产设备的原值一并计入，包括已签订购置合同并于当年内交货的设备（应提交购置合同清单及交货期限），上述采购国产设备应属于《设备清单》所列设备。对执行中国产设备范围存在异议的，由主管税务机关逐级上报税务总局商财政部核定。
（四）退税申请及实务风险
研发机构采购国产设备的应退税额，为增值税发票（包括增值税专用发票、增值税普通发票）上注明的税额。研发机构采购国产设备退税的申报期限，为采购国产设备之日（以发票开具日期为准）次月1日起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。逾期申报的，主管税务机关不再受理研发机构采购国产设备退税申报。已备案的研发机构应在退税申报期内办理采购国产设备退税，需提供资料有《购进自用货物退税申报表》；采购国产设备合同；认证通过或通过增值税发票选择确认平台选择确认的增值税专用发票以及主管税务机关要求提供的其他资料。
实务中需关注以下三个问题：一是，研发机构采购国产设备取得的增值税专用发票，已申报进项税额抵扣的，不得申报退税；已申报退税的，不得申报进项税额抵扣。二是，设备监管期内产权转移或改变用途的，需按规定补缴税款。研发机构已退税的国产设备，自增值税发票开具之日起3年内，设备所有权转移或移作他用的，研发机构须按规定补缴已退税款。应补税款＝增值税发票上注明的金额×（设备折余价值÷设备原值）×增值税适用税率，其中设备折余价值＝设备原值-累计已提折旧。设备原值和已提折旧按照企业所得税法的有关规定计算。三是，按规定办理退税备案的撤回。研发机构发生解散、破产、撤销以及其他依法应终止采购国产设备退税事项，或者办理注销税务登记的，应持相关证件、资料向其主管税务机关办理撤回采购国产设备退税备案。办理撤回采购国产设备退税备案前，需按规定结清退税款。需要注意的是，研发机构以假冒采购国产设备退税资格、既申报抵扣又申报退税、虚构采购国产设备业务、提供虚假退税申报资料等手段骗取采购国产设备退税款的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定承担相应法律责任。
二、集成电路企业采购设备退税
为解决集成电路重大项目企业采购设备引起的增值税进项税额占用资金问题，《财政部 国家税务总局关于退还集成电路企业采购设备增值税期末留抵税额的通知》（财税〔2011〕107号，以下简称107号文）规定，自2011年11月1日起，对国家批准的集成电路重大项目企业因购进设备形成的增值税期末留抵税额准予退还。
（一）政策适用主体
集成电路企业采购设备退税政策的适用主体，是国家批准的集成电路重大项目企业，107号文附件具体列举了中芯国际集成电路制造（北京）有限公司、北京京东方显示技术有限公司、英特尔半导体（大连）有限公司等29家集成电路重大项目企业。
（二）退税金额确定
虽然107号文将集成电路企业采购设备退税政策称为购进设备留抵税额，但实质上与留抵退税政策规定存在较大差异，其差异主要体现在退税金额的确定上。集成电路企业采购设备退税政策，不同于研发机构采购国产设备全额退税，在计算准予退还购进设备税款时，需比较当期购进设备进项税额与当期增值税纳税申报表“期末留抵税额”孰小，所退税款为其中较小者。即，企业当期购进设备进项税额大于当期增值税纳税申报表“期末留抵税额”的，当期准予退还的购进设备留抵税额为期末留抵税额；企业当期购进设备进项税额小于当期增值税纳税申报表“期末留抵税额”的，当期准于退还的购进设备留抵税额为当期购进设备进项税额。实务中需要关注两点，一是，购进的设备应属于《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十一条第二款规定的固定资产范围，但并不限于国产设备；二是，当期购进设备进项税额，是指企业取得的按照现行规定允许在当期抵扣的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书（限于2009年1月1日及以后开具的）上注明的增值税额。
（三）退税申请及审批
企业应于每月申报期结束后10个工作日内向主管税务机关申请退还购进设备留抵税额。主管税务机关接到企业申请后，应审核企业提供的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书是否符合现行政策规定，其注明的设备名称与企业实际购进的设备是否一致，以及申请退还的购进设备留抵税额是否正确。审核无误后，由县（区、市）级主管税务机关审批。企业收到退税款项的当月，应将退税额从增值税进项税额中转出。未按规定转出的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定承担相应法律责任。107号文自2011年11月1日起执行，企业首次申请退还购进设备留抵税额时，可将2009年以来形成的购进设备留抵税额，按照上述规定一次性申请退还。